Adli Tıp Kurumundaki otopsi, "Minnesota Protokolü" çerçevesinde Türk ve Rus yetkililerin katılımıyla yapıldı. Ankara Cumhuriyet Başsavcıvekili Necip Cem İşçimen'in de katıldığı otopsi, yaklaşık 3 saat sürdü.
Karlov'un naaşı, Ankara Büyükşehir Belediye Başkanlığına ait cenaze aracıyla, Rusya'ya nakledilmek üzere Esenboğa Havalimanı'na gönderildi.
