Naci Ağbal, 1 Ocak 1968 tarihinde Minteha ve Yakup Ağbal çiftinin çocuğu olarak Bayburt'un Yoncalı köyünde doğdu.
1989 yılında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Kamu Yönetimi Bölümü'nden mezun oldu.
Aynı yıl Teftiş Kuruluna girdi, 1993'te Maliye Müfettişi oldu.
Yüksek Lisans eğitimini 1998 yılında Exeter Üniversitesi İş İdaresi Genel İşletme Yönetimi (MBA) Programında tamamladı.
2003 yılında Gelirler Genel Müdürlüğü Daire Başkanlığı görevine, 2007 yılında Bütçe ve Mali Kontrol Genel Müdürlüğü'ne atandı.
Ekim 2008 tarihinde Bakanlar Kurulu kontenjanından Yükseköğretim Kurulu (YÖK) üyeliğine seçildi.
8 Mart 2008 tarihi itibarıyla de Ahmet Yesevi Üniversitesi Mütevelli Heyet üyesi oldu.
12 Haziran 2009 tarihinde Maliye Bakanlığı Müsteşarlığı görevine atandı.
Bu görevini 9 Şubat 2015 tarihine kadar sürdürdü.
Ağbal 9 Şubat 2015 tarihinde Maliye Bakanlığı Müsteşarlığı görevinden istifa ederek Haziran 2015 Türkiye genel seçimleri'nde aday olabilmek için istifa eden 200 bürokrat arasında yer aldı.
Haziran 2015 Türkiye genel seçimleri'nde Adalet ve Kalkınma Partisi (AK Parti) Bayburt milletvekili olarak meclise girdi.
13 Eylül 2015 tarihinde AK Parti Ekonomiden Sorumlu Genel Başkan Yardımcılığı görevine başladı. Kasım 2015 Türkiye genel seçimleri'nde tekrar AK Parti Bayburt milletvekili olarak meclise girdi
Kasım 2015 Türkiye genel seçimleri sonrası Başbakan Ahmet Davutoğlu tarafından 24 Kasım 2015 tarihinde kurulan 64. Türkiye Hükûmeti'nde Maliye Bakanı olarak görevlendirildi.
Maliye Bakanlığı görevini Mehmet Şimşek'ten devralan Ağbal, yeni dönemin Türkiye ekonomisi için "reform dönemi" olacağını ve mali disiplinden asla vazgeçmeyeceğini bildirdi.
Davutoğlu'nun istifa etmesinin ardından Binali Yıldırım tarafından kurulan 65. Türkiye Hükûmeti'nde tekrar Maliye Bakanı olarak görevlendirildi.
Evli ve iki çocuk babası olup, İngilizce bilmektedir.
