Mustafa Baloğlu, 1 Ocak 1967 yılında Konya'nın Akşehir ilçesinde doğdu.
İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nden mezun olduktan sonra, İstanbul Taksim Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde genel cerrahi alanında uzmanlığını aldı.
Kütahya E-tipi Cezaevi, Akşehir Devlet Hastanesi'nde çalışan Baloğlu, Akşehir Belediye Başkanı olarak görev yaptı.
AK Parti Konya Milletvekili seçildi ve Sağlık, Aile, Çalışma ve Sosyal İşler Komisyonu ve Plan, Bütçe Komisyonu görevlerinde bulundu.
Mustafa Baloğlu, evli ve iki çocuk babasıdır.