Mehmet Ali Beyhan 1980 yılında İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'nden; Yakınçağ Tarihi esas sertifikası ile, Doğu Dilleri'nden Arap Dili ve Edebiyatı, Fars Dili ve Edebiyatı; Felsefe Bölümü'nden Türk-İslam Düşüncesi Tarihi sertifikalarını alarak mezun oldu.
Fakülte son sınıfında iken 1979 Ekimi'nde Başbakanlık Osmanlı Arşivi'nde memur olarak çalışmaya başladı. 1983 Temmuz-Kasım ayları arasında dört aylık kısa dönem askerlik hizmeti sonrasında Arşiv'deki görevine yeniden döndü ve 1984 – 1985 akademik yılında Ankara'da Devlet Memurları Yabancı Diller Eğitim Merkezi'ne devam ederek İngilizce'den sertifika aldı.
1987'de “Türk Arşivleri'nin Dünya Arşivleri Yeri Arasındaki Yeri ve Önemi” adlı tez ile Başbakanlık Uzmanı oldu. Sırasıyla Arşiv'in Araştırma ve Tasnif Hizmetleri şubelerinde uzman ve yönetici sıfatıyla 13 yıl çalıştı. Ayrıca 1989 Aralık ayında Ankara'da tertip edilen II. Milli Kültür Şurası'nda Devlet Arşivleri Genel Müdürlüğü'nü bir tebliğ ile temsil etti. Osmanlı Arşivi Daire Başkanlığı'nda muhtelif zamanlarda açılan Hizmetçi eğitimi programlarında Öğretim Görevlisi olarak ders verdi.
Arşivdeki memuriyeti ile beraber, Edebiyat Fakültesi Yakınçağ Tarihi Anabilim Dalı'nda Prof. Dr. Nejat Göyünç'ün yönetiminde başladığı doktora çalışmalarını,merhum hocanın İstanbul Üniversitesi'nden ayrılmasıyla, Prof. Dr. Bekir Kütükoğlu'yla, III. Selim, IV. Mustafa devirleri ile II. Mahmut saltanatının ilk beş yılı olmak üzere yirmi beş yıllık dönemi ihtiva eden Câbî Tarihi'nin ilmî edisyonu ile sürdürdü. Bekir Kütükoğlu'nun 28 Haziran 1990 tarihinde vefatından sonra yarım kalan doktora çalışmalarını Prof. Dr. Kemal Beydilli'nin danışmanlığında tamamladı.
22 Temmuz 1992 tarihinde Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Yakınçağ Tarihi Anabilim Dalı'na Araştırma Görevlisi olarak intisap etti. 14 Aralık 1995 tarihine kadar Arş. Gör. Dr., 14 Aralık 1995 tarihinden Şubat 2009 tarihine kadar Yrd. Doç. ve Doçent kadrosunda anılan anabilim dalında görev yapan Mehmet Ali Beyhan, 2009 yılında profesör kadrosuna atandı.
İstanbul Üniversitesi Türkiyat araştırmaları Enstitüsü Yönetim Kurulu üyesi olan Profesör Beyhan, Atatürk Araştırma Merkezi Başkanlığı görevine atanıncaya kadar Yakınçağ Osmanlı Tarihi Metinleri, Yakınçağ Osmanlı Tarihi Kaynakları ve Meşrutiyet Devri Osmanlı Tarihi ayrıca Doğu Dilleri ve Edebiyatları Bölümü'nde, Urdu Dili ve Edebiyatı öğrencilerine, Güz yarıyılında Hindistan Tarihi, Osmanlı Hindistan İlişkileri; Bahar yarıyılında Pakistan Tarihi ve Türkiye-Pakistan İlişkileri konularında dersler vermekteydi.
