İstanbul, Marmara Denizi, Haliç ve Boğaz kıyılarına yayılmış konumu nedeniyle bugün olduğu gibi Osmanlı döneminde de bir deniz kenti olmuştur. 15,16, 17.yüzyıllarda deniz ulaşımı kayık, pereme (Yolcu ve miktarı az yükleri taşımakta kullanılan küçük deniz teknesi) ve mavnalarla sağlanmaktaydı.
Fatih ile Tersanecilik adımı
Fatih Sultan Mehmet döneminde 1455 yılında gemi yapımı amacıyla Tersane-i Amire kurulmuştur. Osmanlı dönemi gemileri, Osmanlı tarafından kurulan İzmit, Gelibolu, Gemlik, Sinop ve Kasımpaşa tersanelerinde (Bugünkü adıyla Taşkızak Tersanesi, Haliç Tersanesi, Camialtı Tersanesi) yapılırdı. Bugünkü Türkiye Denizcilik İşletmeleri'nin ilk temel taşı olan bu gemiler, Tersane-i Amire'nin malıydı.
İlk Osmanlı buharlı gemisi
Osmanlı döneminde ilk buhar makineli Buğ adlı gemi, 1827 yılında satın alınmıştır. 1837 yılında, bugünkü Taşkızak Tersanesinin bulunduğu Aynalıkavak'tan denize indirilen Eser-i Hayır ise tersanelerimizde inşa edilen ilk buharlı yolcu gemisidir. Türkiye Denizcilik İşletmeleri'nin ilk nüvesini 1843 yılında kurulan Fevaid-i Osmaniye teşkil eder. İşletme Kadıköy ve Adalar'a yolcu taşımacılığı ile faaliyetlerine başlamıştır. 1870 yılında ise İrade-i Şahane ile İdare-i Aziziye unvanını almıştır.
Şehir hatlarının açılışı
Türkiye denizcilik işletmeleri AŞ'nin resmi sitesindeki bilgiye göre; 1878 yılında İdare-i Aziziye unvanı İdare-i Mahsusa olarak değiştirilmiştir. İdare-i Mahsusa 1851 yılında Fuad ve Cevdet Paşaların gayretleriyle Boğaziçi'ne vapur işletme amacıyla kurulan Şirket-i Hayriye (Bu günkü Şehirhatları) ve Şark Şimendiferleri şirketleriyle yaptığı anlaşmalar gereğince yolcu ulaşım hatlarını genişletmiştir. Galata Köprüsü'nden Haydarpaşa'ya, Beşiktaş'tan Üsküdar ve Haydarpaşa'ya olmak üzere iki hat açmıştır.
İngilizlere işletme devri
1909 yılında siyasi ve ekonomik sebeplerden dolayı gemi işletme imtiyazı bir İngiliz şirketine devredilmiştir. Ancak İngiliz şirketi yükümlülüğünü yerine getirmeyince 1910 yılında İdare-i Mahsusa'nın unvanı değiştirilerek Osmanlı Seyr-i Sefain İdaresi olmuştur. Osmanlı Seyr-i Sefain İdaresi 1925 yılında 597 sayılı Kanunla Türkiye Seyr-i Sefain İdaresi haline getirilmiştir. Bu dönemde filoya ilave edilen gemilerle Köprü - Pendik ile Köprü - Yeşilköy arasında hatlar oluşturulmuş ve seferler konmuştur. Daha sonraki yıllarda İstanbul - İzmit ile İzmit Körfezi hattı açılmış ve bu hat Yalova'ya kadar uzatılmıştır.
Denizbank'a bağlanma
1937 yılında, Denizyolları, Akay, Fabrika ve Havuzlar Müdürlükleri, İstanbul, İzmir, Trabzon Liman İşletmeleri, Tahlisiye Müdürlüğü ve Van Gölü İşletmesi İktisat Vekaletine bağlı olarak kurulan Denizbank'a bağlanmıştır. Ancak, faaliyetini 1,5 yıl sürdüren Denizbank, 1939 yılında 3633 sayılı Kanunla kaldırılarak yerine Devlet Limanları İşletme Umum Müdürlüğü ile Devlet Denizyolları ve İşletmeleri Umum Müdürlüğü olarak iki umum müdürlük kurulmuştur
TDİ idari süreçleri
1944 yılında, Devlet Limanları İşletme Umum Müdürlüğü kaldırılarak görevleri, Devlet Denizyolları ve Limanları İşletme Umum Müdürlüğüne verilmiştir. 1944 yılında 4571 sayılı Kanunla, yeni bir hüviyet kazanan Devlet Denizyolları ve Limanları İşletme Umum Müdürlüğü, Kıyı Emniyeti İşletmesi ismi altında Fenerler ve Cankurtaran Teşkilatı'nı bünyesine almış ve Şirket-i Hayriye'nin de 94 yıllık müstakil faaliyetine son verilmiştir. Ayrıca,1945 yılında Şehirhatları İşletmesi de bu Umum Müdürlüğe dahil edilmiştir.Türkiye Denizcilik Kurumu Genel Müdürlüğü'nün adı, 1984 yılında yürürlüğe giren Kamu İktisadi Teşebbüslerinin yeniden düzenlenmesi ile ilgili 233 sayılı KHK gereği Türkiye Denizcilik İşletmeleri Genel Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir.
Türkiye Denizcilik İşletmeleri Genel Müdürlüğü'nün faaliyetleri arasında bulunan tersanecilik hizmetleri, 1985 yılında bünyeden ayrılarak Türkiye Gemi Sanayi AŞ'ye bağlanmıştır. TDİ Türkiye Denizcilik İşletmeleri A.Ş. bünyesinde bir müdürlük olarak yer alan, Kıyı Emniyeti ve Gemi Kurtarma Müdürlüğü, 1997 yılında Özelleştirme Yüksek Kurulu'nun 97/12 sayılı Kararıyla, 393 personeli ile birlikte, bila bedel olarak T.C. Başbakanlık Denizcilik Müsteşarlığı'na devredildi.
Özelleştirme aşaması
Özelleştirme Yüksek Kurulu'nun 07.03.2010 tarih, 2005/81 sayılı kararı ile Şehirhatları İşletmesi ve Denizyolları İşletmesine ait söz konusu 138 personele ilave olarak 425 gemi adamı ve 135 çarkçıbaşının da tüm hak ve yükümlülükleri ile birlikte Türkiye Denizcilik İşletmeleri A.Ş. tarafından İstanbul Büyükşehir Belediye'sine devrine karar verildi.
Özelleştirme Yüksek Kurulu'nun kararı ile1-Türkiye Denizcilik İşletmeleri A.Ş. Türk Boğazlarında ve İzmir'de vermekte olduğu kılavuzluk ve römorkaj hizmetlerinden çekilmesine, 2- Söz konusu hizmetler ile bu hizmetlerde kullanılan ve mülkiyeti TDİ A.Ş. adına kayıtlı olan kılavuzluk hizmet binaları ile ekipman,alet, edevat, deniz vasıtalarının yedekleri ve demirbaşları ile birlikte 4046 sayılı Kanunun 2'nci Maddesinin (i) bendi çerçevesinde Kıyı Emniyeti Genel Müdürlüğüne bilabedel devredilmesine, 3- Söz konusu hizmetlerde görev yapmakta olan 823 personelin tüm hak ve yükümlülükleri ile birlikte Ulaştırma Bakanlığına devredilmesine karar verildi.