Hakimlik tarafından verilen kararda, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu'nca yürütülen "paralel yapı" soruşturmasına değinildi. Soruşturmanın nasıl başladığı ve şüphelilerin hangi isnatlarla suçlandığına ilişkin bilgilerin sunulduğu kararda, soruşturmanın başlamasına neden olan olaylar kronolojik olarak yer aldı.
Dönemin özel yetkili İstanbul Cumhuriyet Başsavcıvekilliği'nce yürütülen bir soruşturma dosyasının şüphelilerinden olan ve halen Bakırköy 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılanmaları devam eden sanıklar Mehmet Nuri Turan, Bünyamin Ateş, Burhan Bozgeyik ve Mustafa Kaplan'ın, sahip oldukları BMB Yayın Grubu'na bağlı Tahşiye, Rahle ve Cihangir adlı yayınevleri ile dini görüş ve yorumlar içeren kitaplar bastıkları belirtilen kararda, bu kitaplarda şüpheli Fethullah Gülen'in temel paradigması olan dinler arası diyalog ve kurumlara zekat verilebileceğine ilişkin görüşleri ile tesettür konusunda eleştirilerde bulunulduğu ifade edildi.
- Gülen'in konuşmasıyla başlayan süreç
Fethullah Gülen'in başında bulunduğu, "hizmet hareketi" adıyla bilinen yapının eleştirildiği 3 Aralık 2008 tarihli yazının, bu dosyanın şüphelilerinden olan eski İstanbul İstihbarat Şube Müdürü Ali Fuat Yılmazer'in imzasıyla dağıtım yerlerine gönderildiği ve "Tahşiye grubu faaliyetleri" konulu yazı ile bu grup hakkında istihbari bilgilendirme yapıldığı aktarılan kararda, şüpheli Gülen'in 6 Nisan 2009'da "www.herkul.org" isimli internet sitesinde, "irtica paranoyası" adı altında video kaydının yayınlandığı ve burada açıkça "tahşiye diye bir şey icat edebilirler, adlarına da tahşiyeci derler, sonra kalaşnikof verirler, çuvaldızı bile olmayan insanlara terörist damgası vuracaklar.. belli kişilerce karanlık karar kurullarında alınan kararlar.." şeklinde diyaloglar geçtiği dile getirildi.
Gülen'in beyanatının şüphelilerden Hüseyin Gülerce'nin 10 Nisan 2009 ve Ahmet Şahin'in de 15 Nisan 2009 tarihlerinde Zaman gazetesindeki köşelerinde yazıldığı, yine 23 Nisan 2009'da "Tek Türkiye" dizisinin bölümündeki "karanlık kurul" sahnesinde, "tahşiye miydi taşidat mıydı neydi..rahle mahle bir şey deyin işte, dini sembol olacak bir şey.." şeklinde diyaloglar kurulduğu anlatılan kararda, şüphelilerden Nuh Gönültaş'ın da Bugün gazetesinde 26 Nisan 2009'da, "Tahşiyeciler deşifre oldu, yeni bir isim bulmalıyız" başlığıyla, dizideki diyaloglarla ilgili bir köşe yazısı yazdığının anlaşıldığı ifade edildi.
- "İstihbari bilgiler teyit edilmeden kullanılamaz' kuralı ihlal edildi"
Başka suçtan tutuklu şüpheli Ali Fuat Yılmazer'in 3 Aralık 2008 tarihli yazısının ardından, gazetede beyanlarının yer aldığı yayınlar ile televizyonda da yayım yapıldığı belirtilen kararda, kısa bir süre sonra, 29 Nisan 2009'da 20 kişi hakkında şüpheli Erol Demirhan imzasıyla, şüpheli İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü (TEM) şube müdür vekili Ertan Erçıktı adına, İstihbarat Şube Müdürlüğü'nden İstanbul TEM'e yazı yazıldığı ve "Radikal tahşiye grubu" hakkında ihbarda bulunulduğu, ancak istihbari bilgilerin adli soruşturmada teyit edilmeden kullanılamayacağı kuralı ihlal edilerek 4 Mayıs 2009'da şüpheli Ertan Erçıktı'nın imzasıyla İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığından soruşturma talep edildiği aktarıldı.
İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın talebe uygun bir şekilde, 5 Mayıs 2009'da izin vererek soruşturma yürüttüğü, teknik ve gizli takip kararları alınarak TEM Şube Müdürlüğü görevlileri tarafından uygulama yapıldığı kaydedilen kararda, 4 Kasım 2009'a kadar "Radikal tahşiye grubu" adıyla soruşturma yürütülürken, bu tarihten sonra bilgi notu ile örgütün adının "El Kaide yanlısı radikal Mehmet Doğan örgütü" olarak değiştiği, 10 Aralık 2009'da tarihsiz, isimsiz ve imzasız bir ihbar mektubu ile CD'nin gönderildiği, 22 Ocak 2010'da 16 ilde eş zamanlı olarak 122 kişiye yönelik operasyon yapıldığı ve bir kısım şüphelilerin tutuklanarak 17 aya kadar tutuklu kaldıkları dile getirildi.
- "Sis kutuları aynı seriden"
Kararda, şüphelilerden Turgut Yıldırım'ın bulunduğu Bahçelievler'deki yerde yapılan aramada suç konulu olduğu değerlendirilen el bombaları ve mermiler ile krokilerin ele geçirildiği ve el bombaları üzerinde yalnızca arama yapan polis memurlarının parmak izinin tespit edildiği belirtilerek, şu ifadeler kullanıldı:
"Şüpheli Ali Fuat Yılmazer'in 3 Aralık 2008 tarihli yazısında, Ali Tok'un da bu yapılanmanın içerisinde olduğunu bildirmesine ve şüpheli Turgut Yıldırım'ın arama tutanağında elde edilen taslak ve krokilerin eve Ali Tok isimli kişi tarafından getirildiğinin beyan edilmesine karşın, Ali Tok isimli kişinin yazı ve imza örneklerinin alınmadığı gibi şüpheli olarak da işlem görmediği, arama yapılan evde 38 adet parmak izi tespit edildiği halde bu hususun da araştırılmadığı, diğer taraftan elde edilen suça konu olduğu belirtilen bir adet MKE yapımı sarı renkli sis kutusunun, Ergenekon terör örgütü kapsamında, 21 Nisan 2009'da Beykoz Poyrazköy Keçilik mevkisinde yapılan kazılarda ele geçen bir adet şeffaf poşete sarılmış vaziyette bulunan MKE yapımı sarı renkli sis kutusu ile aynı seriden olduğu, ele geçen el bombalarının, seri numarası tespit edilen Kartal Emniyet Müdürlüğü'nde bulunan 6 adet el bombası ile benzeştiğinin tespit edildiği görülmüştür."
- "Fethullah Gülen'in genel olarak yayın politikalarını belirlediği.."
Soruşturma dosyasında, Samanyolu Yayın Grubu Başkanı olan şüpheli Hidayet Karaca'nın, şüpheli Fethullah Gülen ile arasında 20 Eylül 2010, 28 Eylül 2013 ve 10 Ekim 2013'te geçen telefon görüşmelerinde, "Şefkat Tepe" dizisindeki "karanlık kurul" bölümlerinin dizide yer alıp almayacağını sorarak, bu bölümlere ilişkin senaryoyu Gülen'e okuduğu ve bizzat onayını aldığı kaydedilen kararda, "Soruşturmanın şüphelilerinden olan ve Tek Türkiye, Şefkat Tepe dizilerinin senaryo, hikaye yazarları ve yapımcı, yönetmenlerinin beyanlarına göre, 'bu dizilerde yer alan karanlık kurul veya karar kurulu bölümlerinin kendi taraflarından yazılmadığı, senaryolaştırılmadığı ve dizilerinde bulunmadığını' beyan etmeleri karşısında, 'karanlık karar kurulu' adıyla yayınlanan bölümlerin diziden farklı kişiler tarafından senaryolaştırılarak diziye eklendiğinin anlaşıldığı görülmüştür" denildi.
"Bu haliyle şüpheli Fethullah Gülen'in Samanyolu TV grubu ve Zaman gazetesinin genel olarak yayın ve yayım politikalarını belirlediği, bu şekilde kamuoyu oluşturulmaya çalışıldığı" ifadesi kullanılan kararda, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın 3 soruşturma dosyasındaki bir kısım şüphelilerin bu dosyanın da şüphelileri olduğu ve bu soruşturma dosyaları sonucunda yapılan işlemler nedeniyle şüpheli Fethullah Gülen'in kontrolünde bulunan basın ve yayın organlarında şüphelilerin sahiplenilerek yayınlar yapıldığı aktarıldı.
- "Karaca ile Gülen arasındaki görüşmeler inkar edilmedi"
Dershaneler konusunda, şüpheli Fethullah Gülen'in beyanının gazete ve televizyonlarda, belirtilen şekillerde, kamuoyu oluşturmak amacıyla kullanılarak haberler yapıldığı da belirtilen kararda, aynı zamanda dizilerin 'karar kurulu' bölümlerinde de bu olaylara yer verildiği ve şüpheli Hidayet Karaca ile şüpheli Fethullah Gülen arasındaki görüşmelerin inkar da edilmediğinin görüldüğü dile getirildi.
Kararda, 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu'nun (TMK), "terör tanımı" başlığını taşıyan 1. maddesi ile "terör örgütleri" başlığını taşıyan 7. maddesine vurgu yapılarak, şu ifadelere yer verildi:
"Örgüt niteliği değerlendirildiğinde, genel itibarıyla emniyet müdürlüğü ve özellikle İstanbul Emniyet Müdürlüğü bünyesinde, İstihbarat ve TEM müdürlüklerinde görev yapan şüphelilerin, devletin hiyerarşik yapısı dışında ayrı bir hiyerarşik yapı oluşturarak yasa dışı örgütlenme oluşturdukları, Türkiye Cumhuriyeti'nin sosyal, ekonomik, askeri ve idari mekanizmasına yön veren kadroların ele geçirilerek etkisiz hale getirilmesinin amaçlandığı, bugüne kadar cebir ve şiddet içeren eylem ile işlemleri tespit edilmemiş olsa da mahiyeti gereği silahlı olarak emniyet müdürlüğü bünyesinde oluşan bu birimin, 'terör örgütleriyle mücadele' adı altında yetkilerini, görevlerinin gereklerine aykırı kullanmak suretiyle amaca ulaşmak için toplum üzerinde baskı, korkutma, yıldırma ve sindirme yöntemi kullanarak işlem yaptıkları, nitekim Yargıtay 9. Ceza Dairesi'nin 9 Ekim 2013 tarihli kararında belirtildiği gibi, 'anayasal düzene karşı işlenen suçlarda manevi cebirin de yeterli olacağının öngörüldüğü' dikkate alındığında, TMK 1. ve 7. maddeleri anlamında bir örgütün varlığı yönünde kuvvetli suç şüphesinin bulunduğu görülmüştür."