Beşiktaş Kulübü'nin 22 Mayıs 2013'te futbol genel direktörlüğü konusunda 3 yıllık sözleşme imzaladığı Özen, görevini yaklaşık 15 ay yapabildi. Başkan Fikret Orman'ın katılımıyla düzenlenen basın toplantısında, "Kontratımız 3 sene ama benim kendime verdiğim süre 18 ay" ifadesini kullanan Önder Özen, kendine tanıdığı süreyi de tamamlayamadı.
- Disiplini sağlamak hedefiyle geldi
Siyah-beyazlı kulübe disiplini sağlama hedefiyle gelen Önder Özen, Beşiktaş Kulübü'yle sözleşme imzaladığı törende, "Futbol şubemizin bir kulüp disiplinine ihtiyacı olduğunu düşünüyorum" diye açıklama yapmasına rağmen bu konuda hedefine ulaşamadı.
2013-2014 sezonu başında ilk sıkıntıyı teknik direktör konusunda yaşayan Özen, o dönemde Kayserispor'u çalıştıran Robert Prosinecki'yi takımın başına getirme başarısı gösteremedi. Bu ismin yerine Slaven Bilic'i teknik direktör olarak getiren siyah-beyazlı takımın eski genel direktörü, futbolcuların disiplinsizliklerine de engel olamadı.
- İlk kriz İbrahim Toraman ile Sezer Öztürk arasında
Özen yönetimindeki Beşiktaş'ta ilk kriz, geride kalan sezonun ilk döneminde yaşandı. Özen, siyah-beyazlı takımın kaptanı İbrahim Toraman ile Fenerbahçe'den transfer edilen Sezer Öztürk arasındaki kavgayı önleyemedi. İki futbolcu da yaşanan kavganın ardından süresiz kadro dışı kaldı.
- Sezer Öztürk ikinci şoku yaşattı
Özen yönetimindeki futbol takımı, ikinci şoku devre arasında Sezer Öztürk'ün bıçaklanmasıyla yaşadı. İbrahim Toraman ile yaşadığı kavga nedeniyle süresiz kadro dışı bırakılan Sezer, Almanya'da bir gece kulübünde bıçaklandı.
- Gökhan Töre, kurşunla yaralandı
Önder Özen, Beşiktaş'ta sezon boyunca disiplini sağlayamamanın sıkıntısını yaşadı.
İbrahim Toraman ve Sezer Öztürk olaylarıyla sıkıntılı dönemler yaşayan siyah-beyazlı ekip, en büyük şoku sezonun son bölümlerinde Gökhan Töre'nin kurşunla yaralanmasıyla yaşadı.
- Dany transferi çok tepki çekti
Siyah-beyazlı taraftarların, Özen döneminde gösterdiği en fazla tepki ise Galatasaray'dan devre arasında kiralanan Dany Nounkeu'nun transferi oldu.
Beşiktaş formasıyla çıktığı maçlarda kritik hatalar yapan Dany, son haftalarda ise teknik heyet tarafından kadro dışı bırakılmıştı. Önder Özen'e yönelik tepkiler son olarak Yalçın Ayhan'ın transferi konusunda artmıştı.
