Kırmızı-siyahlı ekipte sezon açılışının ertesi günü yolların ayrıldığı Kemal Özdeş'in yerine göreve getirilen Mustafa Kaplan, antrenörlüğe 2003 yılında MKE Ankaragücü'nde teknik direktör Ersun Yanal'ın ekibinde başladı. Başkentin sarı-lacivertli temsilcisinde daha sonra sırasıyla Tevfik Lav, Hikmet Karaman, Rıza Çalımbay ve Yılmaz Vural ile çalışan Kaplan, 2008-2009 sezonunda Gençlerbirliği'nde teknik direktör Mesut Bakkal'ın yardımcılığına getirildi. Kaplan, sezonun son maçı olan Antalyaspor karşılaşmasında ise sahaya teknik sorumlu olarak çıktı.
Antrenörlüğe başladığı MKE Ankaragücü'ne 2009-2010 sezonunda dönerek Hikmet Karaman'ın yardımcısı olan Kaplan'ın Beştepe "gelgitleri" de böylece başlamış oldu.
- 3 kez geldi, 2 kez gitti
Alman teknik adam Thomas Doll ve yardımcısı Ralf Zumdick'i göreve getiren Gençlerbirliği'ne 2010'da geri dönen Mustafa Kaplan, kırmızı-siyahlı ekipte bu kez sportif direktörlük görevinde bulundu.
Doll ile yolların ayrılmasının ardından kulüp başkanı İlhan Cavcav'ın göreve getirdiği Zumdick ile kulübeye dönen Kaplan, sezonun son 5 maçında ise kulübede takımın hocası olarak oturdu.
Gençlerbirliği'nde 2011-2012 sezonunun bitmesinin ardından teknik direktörlük bekleyen ancak istediğini alamayan Kaplan, bir kez daha başkentin sarı-lacivertli temsilcisinin yolunu tuttu.
MKE Ankaragücü ile ekonomik sıkıntılar yaşayan bir dönemde yeniden yolları kesişen genç teknik adam, 2013-2014 sezonunda ise bu kez kulüp binası Beştepe İlhan Cavcav Tesisleri'nde olan Hacettepe'nin başına getirildi. Kaplan, Gençlerbirliği'nin pilot takımı Hacettepe ile başarılı oldu ve takımı geçen sezonun sonunda Spor Toto 2. Lig'e çıkardı.
İlhan Cavcav tarafından bu başarısı nedeniyle ödüllendirilen Kaplan, Kemal Özdeş ile yolların ayrılmasının ardından Hacettepe kulüp binasındaki eşyalarını Gençlerbirliği teknik direktörünün odasının bulunduğu yan binaya taşıdı.
- Gerekçe hep transfer
Beştepe serüvenine Gençlerbirliği teknik direktörü olarak devam eden Kaplan, kırmızı-siyahlı ekibin Türkiye Futbol Federasyonu'nun yabancı oyuncu statüsünü 5+3 olarak belirlemesi nedeniyle sıkıntı yaşadığı ve kadrosunda 9 yabancı futbolcu olduğu için de transfer yapamadığı bir dönemde bu zorlu görevi üstlendi.
Bu arada teknik direktör Mehmet Özdilek, başarılı bir sezon geçirmesine ve sözleşmesinin bitmesine bir yıl daha olmasına karşın "transfer anlaşmazlığı" gerekçesiyle başkent kulübündeki görevine devam etmemişti.
Mehmet Özdilek'in ardından takımın başına getirilen Kemal Özdeş ile yolların ayrılma sebebi ise kulüp internet sitesinden "oyuncu transferleri konusunda yaşanan anlaşmazlık" olarak duyuruldu.
