Başarılı geçen futbolculuk hayatını bitirmesinin ardından bir süre Saffet Susic'in yardımcılığını yapan Hamza Hamzaoğlu, Konyaspor, Çaykur Rizespor ve Ankaraspor'da yardımcı antrenör olarak çalıştı. İlk olarak 2008-2009'da Malatyaspor'un başına geçen Hamzaoğlu, bir sonraki sezon 2 puanla aldığı TFF 2. Lig 2. Grup ekibi Eyüpspor'u play-off finaline kadar taşımayı başardı.
2010-2011 sezonunda PTT 1. Lig'de ilk yarıyı Denizlispor'la lider tamamlayan Hamza Hamzaoğlu, sezonun ikinci devresinde görevinden ayrıldıktan sonra bitime 10 maç kala Akhisar Belediyespor'un başına geçti.
O sezon Akhisar Belediyespor'u ligde tutan Hamza Hamzaoğlu, bir sene sonra takımı Süper Lig'e taşıdı. Ligdeki ilk sezonunda Ege temsilcisini ligde tutmayı başaran Hamzaoğlu, ikinci yılda da mütevazı kadrosuyla son haftaya kadar 44 puana ulaştı. Geçen sezonki 42 puanlık performasını geride bırakan Hamzaoğlu'nun öğrencileri yarınki Kasımpaşa maçında alacakları sonuca göre sezon başındaki ilk 10 hedefine ulaşacaklar.
Daha önce bu sezon sonunda Akhisar Belediyespor'daki görevinden ayrılacağını açıklayan Hamza Hamzaoğlu, kariyerine A Milli Futbol Takımı'nda devam edecek.
- Akhisar Belediyespor kariyeri
Akhisar Belediyespor'un başında Süper Lig'de 67, PTT 1. Lig'de 44, Türkiye Kupası'nda ise 15 maça çıkan Hamzaoğlu, 126 maçta 53 galibiyet, 32 beraberlik ve 41 mağlubiyet aldı. Bu maçlarda 161 gol atan Hamzaoğlu'nun ekibi kalesinde 152 gol gördü. Hamza Hamzaoğlu, Akhisar Belediyespor'la yüzde 42,1 galibiyet oranına ulaştı.
Süper Lig'de görev yapan teknik direktörler içinde en istikrarlı isim konumunda olan Hamza Hamzaoğlu'nun ekibi Akhisar Belediyespor, bu sezon daha önce ligde şampiyonluğa ulaşan Bursaspor, Fenerbahçe, Galatasaray ve Trabzonspor'u mağlup etmeyi başardı.