Gerekçeli kararın, sanıkların bireysel değerlendirmesinin yapıldığı 3. Kitap'ta, sanık Alparslan Arslan'ın Ergenekon silahlı terör örgütüne üye veya yönetici olmak suçlarından yargılanıp ceza alan diğer sanıklar Erol Mütercimler, Osman Yıldırım, Abdulvahit Özkaya, Aykut Metin Şükre, Erhan Timuroğlu, Ertaç Giray, Hüseyin Görüm, İbrahim Özcan, İsmail Eksik, İsmail Sağır, Muzaffer Tekin, Raif Görüm, Recep Gökhan Sipahioğlu, Tekin İrşi ve Yusuf Görüm ile aralarında örgütsel irtibatı bulunduğu anlatıldı.
Kararda, her ne kadar sanık Arslan hakkında "silahlı terör örgütü yöneticisi" olmak suçundan dava açılmışsa da sanığın eylemlerinin bir bütün halinde "Ergenekon silahlı terör örgütü üyesi olmak" suçunu oluşturduğu vurgulandı.
Ergenekon silahlı terör örgütünün dosyaya yansıyan ve davaya konu olan amacının Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni cebir ve şiddetle ortadan kaldırmak, görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemek olduğu aktarılan kararda, örgütün dosya kapsamında bu doğrultuda gerçekleştirdiği pek çok eylem bulunduğu kaydedildi.
Bu eylemlerden en önemlilerden birisinin Cumhuriyet gazetesine bomba atılması ve Danıştay'a yapılan silahlı saldırı eylemleri olduğu ifade edilen kararda, sanık Arslan'ın, Ergenekon silahlı terör örgütünün amaçları doğrultusunda, ülkede kaos ve kargaşa ortamı yaratıp, Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni cebir ve şiddetle ortadan kaldırmak veya görevlerini yapmasını engellemek için Cumhuriyet gazetesine el bombası atılması, Danıştay 2. Dairesi'ne silahlı saldırı düzenleyerek, 1 kişiyi öldürme ve 4 kişiyi öldürmeye teşebbüs suçlarını işlediği belirtildi.
Kararda, sanığın bu şekilde, üzerine atılı Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni cebir ve şiddetle ortadan kaldırmak veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemek suçunu işlediğinin sabit kabul edildiği ifade edilerek, Arslan'ın, Ergenekon silahlı terör örgütünün amaçları doğrultusunda, kendilerine verilen el bombalarını Cumhuriyet gazetesine attığı, ayrıca yine bu talimatlar kapsamında ve örgütün amaçları doğrultusunda ülkede kaos ve kargaşa ortamı oluşturmak amacıyla Danıştay 2. Dairesi'ne silahlı saldırı düzenleyip, daire üyesi Mustafa Yücel Özbilgin'in ölümüne, Mustafa Birden, Ayla Gönenç, Ayfer Özdemir ve Ahmet Çobanoğlu'nun yaralanmasına neden olduğu kaydedildi.
Kararda, sanığın bu eylemlerini Ergenekon silahlı terör örgütünün amaçları doğrultusunda ve örgüt yöneticilerinden sanıklar Muzaffer Tekin ve Veli Küçük'ün talimatları ile yerine getirdiği ifade edilerek, Arslan'ın bu şekilde örgütün içerisinde hiyerarşik yapıya dahil olarak, sanıklar Muzaffer Tekin ve Veli Küçük'e bağlı olarak örgütsel faaliyet yürüttüğü ve örgütün üyesi olduğunun anlaşıldığı vurgulandı.
Sanığın duruşmalardaki tutum ve davranışlarının da değerlendirildiğinin belirtildiği kararda, mahkeme heyetine karşı saygısız tavırları, duruşma düzenini pek çok kez bozması, bu nedenle duruşmalardan men cezası alması ve hakkında suç duyurularında bulunulması hususlarının da göz önüne alınarak, sanık hakkında takdiri indirim nedeni uygulanmamasına karar verildiği belirtildi.
- "Osman Yıldırım, Arslan'a emir ve talimat verecek konumda değil"
Gerekçeli kararda sanık Osman Yıldırım'ın Ergenekon silahlı terör örgütü üyesi olmak suçundan yargılanıp ceza alan diğer sanıklar Semih Tufan Gülaltay, Erhan Timuroğlu, İsmail Sağır, Tekin Irşi, Alpaslan Arslan ve Osman Gürbüz ile aralarında örgütsel irtibatın bulunduğu belirtildi.
Yıldırım'ın örgüt yöneticilerinden Veli Küçük ve Muzaffer Tekin ile de örgütsel irtibatının bulunduğu aktarılan kararda, Osman Yıldırım'ın, Ergenekon silahlı terör örgütünün amaçları doğrultusunda, sanıklar Küçük ve Tekin'in emir ve talimatları üzerine, sanık Oktay Yıldırım'ın verdiği el bombalarını Cumhuriyet gazetesine attığı ve diğer sanıklara attırdığı kaydedildi.
Kararda, Osman Yıldırım'ın, örgüt içerisindeki konumu itibarıyla sanık Alparslan Arslan'a emir ve talimat verecek konumda olmadığı belirtilerek, "Danıştay saldırısı eyleminde sanık Alpaslan Arslan'ı azmettirdiği veya eyleme bizzat iştirak ettiği yönünde delil bulunmaması, olay günü olay yerinde olmaması hususları, sanığın kendi beyanı ve diğer sanıkların beyanları ile tüm dosya kapsamı birlikte değerlendirildiğinde, suçun işlenmesi sırasında sanığın yardım ettiğine dair her türlü şüpheden uzak, mahkumiyetine yeterli, kesin ve inandırıcı delil elde edilememesi nedeni ile sanığın atılı suçları işlediğinin sabit olduğuna karar verilmiştir" denildi.
Sanık Osman Yıldırım yakalandıktan sonra ve yargılama sırasında sanık olarak, önce gizli tanık, daha sonra da açık tanık olarak verdiği ifadelerle Ergenekon silahlı terör örgütünün açığa çıkmasına yardımcı olduğu, beyanları üzerine pek çok sanık hakkında işlem yapıldığı belirtilen kararda, verdiği bilgilerin örgüt içindeki konumu ile uyumlu olduğu anlaşıldığından, sanık hakkında etkin pişmanlık hükümleri uygulandığı kaydedildi.
Kararda, Yıldırım'ın iddianamede cezalandırılması talep edilmişse de "Cumhuriyet gazetesine atılan el bombalarının patlamaması ve atılan yerde kimsenin olmaması" nedeniyle suçun yasal unsurları oluşmadığı için ceza verilmediği hatırlatıldı.