Alınan bilgiye göre, Gülen'in yeşil pasaport almasının yasal dayanağı olan 07 Kasım 1990 tarih ve 39548 sayılı yazının içeriğinin Gülen'in özlük dosyasının muhtevasına uymadığı ve gerçeği yansıtmadığı Diyanet İşleri Başkanlığınca tespit edildi.
Müfettişlerce yapılan inceleme neticesinde Gülen'in 5682 sayılı Pasaport Kanununun Ek-4'üncü maddesine göre yeşil pasaport alması şeklindeki idari işlemin baştan itibaren yok hükmünde olduğu, bu nedenle Pasaport ve Güvenli Belge Daire Başkanlığınca ilgilinin zaten yok hükmünde olan pasaportunun iptali ile ilgili gerekli işlemlerin yapılması gerektiği kanaatine varıldı. Bu nedenle ilgilinin yeşil pasaportunun Erzurum Valiliğince iptal edildiği öğrenildi.
Diyanet İşleri Başkanlığınca Gülen'in özlük dosyasında yapılan incelemede; bahse konu yazının dosyada bulunması gereken paraflı nüshasının bulunmadığı 18 Mart 2014 tarihinde tutanak altına alındı.
1990 yılına ait giden evrak kayıt defterinin 682'nci sayfasında yapılan incelemede evrak kayıt, sayı ve tarihinin doğru olduğu ancak ilgi (c) sayılı yazı ile gönderilen evrakın içeriğinin Gülen'in özlük dosyası içeriğine uymadığı ve gerçeği yansıtmadığının anlaşıldığı belirtildi.
İncelemeyle ilgili, "Çanakkale İl Müftülüğünde vaiz olarak görev yapmaktayken 20 Mart 1981'de istifaen görevinden ayrılan Fethullah Gülen'in istifa ettiği tarih itibariyle kadrosunun 6, müktesep derecesinin 6, kademesinin 7 olduğu, emsallerinin ise 11 Nisan 1981'de Resmi Gazete'de yayımlanan 15/04/1989-366 sayılı KHK ile yürürlüğe giren gösterge tablosunda 6. derece 7. kademenin gösterge karşılığı olan 4. derecenin 1. kademesine tekabül ettiğinden ilgilinin o günkü durumunun 5682 sayılı Pasaport Kanununun Ek-4'üncü maddesi kapsamında değerlendirilmesi mümkün değildir." değerlendirmesinde bulunuldu.
Resmi kayıtlarda görülen ve o tarihlerde 5682 sayılı Pasaport Kanununun Ek-4'üncü maddesine göre hususi damgalı pasaport alan Diyanet İşleri Başkanlığının emekli personelinin örnek pasaport dosyalarındaki resmi yazılarla aynı yetkili kişi tarafından imzalanan resmi yazıya göre işlem yaptıkları belirlenen personel hakkında soruşturma yapılmasına gerek olmadığına karar verildi.