Malatya Özel Yetkili Cumhuriyet Savcısı İsmail Aksoy'un hazırladığı 761 sayfalık ek iddianamede, emekli Orgeneral Hurşit Tolon, eski Malatya Jandarma Alay Komutanı emekli Albay Mehmet Ülger ve Binbaşı Haydar Yeşil'in yanı sıra, astsubay Abdullah Atılgan, uzman çavuşlar Murat Göktürk, Mehmet Çolak, Adem Gedik, Adil Akçay, İnönü Üniversitesi öğretim görevlisi Ruhi Abat, Levent Ercan Gelegen, Aykut Saka, İlker Çınar ile olaya ilişkin devam eden mevcut davada da sanık olarak bulunan Emre Günaydın, Abuzer Yıldırım, Salih Gürler, Cuma Özdemir, Hamit Çeker, Varol Bülent Aral, Hüseyin Yelki sanık olarak gösterildi.
İddianamede, Tolon, Ülger ve Yeşil 'silahlı terör örgütünü yönetme', 'Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etme', 'tasarlayarak kasten öldürmeye azmettirme', 'kişiyi hürriyetinden yoksun kılmaya azmettirme', 'konut dokunulmazlığını ihlale azmettirme', 'nitelikli yağmaya teşebbüse azmettirme', 'resmi belgede sahtecilik' ve 'haberleşmenin gizliliğini ihlal'le suçlandı. Bu üç sanık için, iki kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istendi.
Diğer sanıklar için ise 'silahlı terör örgütüne üye olma', 'Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni ortadan kaldırmaya ve görevini yapmasına engellemeye teşebbüs etme'nin de aralarında bulunduğu atılı suçlar kapsamında, ağırlaştırılmış müebbet hapse varan cezalar talep edildi.
Sanıklardan İlker Çınar'ın gönüllü olarak örgütten ayrıldığı belirtilen iddianamede, 'Zirve Yayınevi ile ilgili tüm bildiklerini samimi şekilde, pişmanlık duyarak anlatması nedeniyle, hakkında TCK'nın ilgili maddeleri uyarınca etkin pişmanlık hükümlerinin uygulanması' istendi.
-'DEZENFORMASYON FAALİYETLERİ YÜRÜTÜLDÜ'-
Deliller kısmında 'Adıyaman' ve 'Deniz Uygar' kod adlı gizli tanıkların ifadelerine de işaret edilen iddianamede, şöyle denildi:
'Ergenekon terör örgütü sanığı Ahmet Hurşit Tolon'un Zirve Yayınevi cinayeti işlenmeden önce ve işlendiği gün Malatya'da bulunmasında, Hrant Dink cinayetine yönelik hazırlanan Devlet Denetleme Kurulu'nun (DDK) raporunda ve tanık Adıyaman'ın beyanlarında; Rahip Santoro, Hrant Dink ve Zirve Yayınevi cinayetleri arasındaki irtibat ile, bu cinayetlerin Ergenekon terör örgütü ve bu örgütün eylem planlarıyla olan irtibatını gösteren hususlar ortaya konulmuştur.'
İddianamede, 'Zirve Yayınevi cinayeti sonrası, işlenen cinayeti başta AK Parti ve Fethullah Gülen cemaatine yıkmak için yürütülen dezenformasyon faaliyetleri işlenmiştir' ifadelerine yer verildi.
Örgütün, özellikle devlet yönetiminde farklı düşüncelere tahammül edemediği öne sürülen iddianamede, örgütün farklı düşüncede olan hemen herkesi 'İkinci Cumhuriyetçi', 'işbirlikçi', 'karşı devrimci', 'ABD-CIA-MOSSAD ajanı', 'tarikatçı', 'dinci', 'dönek', 'hain' gibi karalama kampanyalarıyla halk önünde küçük düşürmeye çalıştığı, 'fişleme' faaliyetlerine girişerek halkı bu kişilere karşı kışkırttığının görüldüğü iddia edildi
