Semerkand ve Buhara’da İslam dünyasının en ünlü ve dünya çapındaki düşünürleri, edebiyatçıları, matematikçileri ve bilim adamları yetişmiştir. Bu kültürel yapının zenginliği günümüze miras olarak gelen muhteşem yapıların izlerinde de görebilmek mümkün. Arkeolojik bulgular şehrin tarihinin en az 2500 yıl olduğunu göstermektedir.
Şehir stratejik önemini, Kızıl Kum Çölünde bir vaha kenarında ve İpek yolu güney güzergâhı üzerinde olmasına borçludur.
Buhara, 9. yüzyılın ortasından 10. yüzyılın sonuna kadar Samanîlerin başkenti oldu. Samanî Devletinin yıkılmasından sonra Karahanlıların yönetimi altına girdi. Daha sonra Kara Hıtay'ların eline geçince, siyasi ehemmiyetini kaybetti. Buhara, Samanîler ve Karahanlılar zamanında kültürel altın çağını yaşamıştır, o dönemden kalan Büyük Minare (kitâbesinde inşaa tarihi olarak 1127 kaydı var) ve Mağâk-i Attârî Camii sayılır.
Samanî hükümdarları âlim, edip ve şairleri himaye ettikleri için çok sayıda edip ve şair Buhara’da toplandı. Birçok saray, medrese, cami ve mescidler inşaa edildi. Buralardan yetişen âlimler İslamiyet’in yayılmasına hizmet ettiler.
İlmin yanında sanayi de gelişti. Özel kumaşlar dokunan Darü’t-Tıraz yaptırıldı. Buhara’da dokunan kumaşlar, halılar, kilimler, yünlü ve pamuklular, seccadeler çeşitli ülkelere ihraç edildi. Buhara ve etrafında ziraat, ticaret ve sanayi çok gelişti, çok büyük çarşılar inşa edildi.
Alaeddin Muhammed Tekiş 1207’de Buhara’yı Harzemşah Devletine dahil etti. Bu dönemde Buhara mâmur hale getirildi. Şehrin çeşitli yerlerine medreseler, kütüphaneler ve camiler yapıldı, şehrin kalesi tamir ettirildi. Harzemşahların idaresi bir müddet daha devam etti. Muhammed Tekiş 1217-18’de Buhara’da Abbasî halifesi Nasır adına okunmakta olan hutbeye son verdi.
1220 yılında, Cengiz Han'ın oğlu Çağatay Otrar'ı zapt edip yağmalarken, bu sırada Cengiz Han da kendi komutasındaki ordu ile Buhara'yı tamamen yaktı. 30.000 kişi katledildi. Bu, tarihin gördüğü en zalimâne hadiselerden biridir. Şehir tamamen yağma edilirken, insanlığın kültürel hazinesi sayılacak önemdeki eserler yakıldı.
Moğol istilası öncesi dönemde Buhara, İslam medeniyetini derinden etkileyecek büyük bilginler yetiştirmiştir ki, bunların en meşhuru İmam el-Buhari’dir. Buhara’ya yolu düşen ve yetişen diğer âlimlerden bazıları: Hakim Tirmizî, Muhammed bin Selam el-Bikendî, Abdullah bin Muhammed el-Müsnedî, Muhammed bin Yusuf el-Bikendi, İbrahim bin el-Eş’as, İmam-ı Muhammed Şeybani, Yusuf-i Hemedani, Abdülhalık-ı Goncdüvanî, Şah-ı Nakşibend Behaeddin Muhammed bin Muhammed Buhari, Hace Muhammed Parisa, Seyyid Emir Külal, Mahmud Buhari.
Müslümanlar Buhara’yı fethettikten sonra, pek çok cami, medrese ve kütüphane gibi mimarî eserler yaptılar. Yuvarlak tuğla payeler üzerine sivri kemerli ve kubbeli bir yapı olan ve zamanımıza kadar ulaşan Hazer Degaron Camii, Karahanlılar tarafından yaptırılmıştır. Her kubbenin etrafı tonozlarla çevrili olan cami, 1121 senesinde inşaa edilmiştir. Kuli Hatun ve Hakim Tirmizî türbeleri de zamanımıza kadar ulaşan eski eserler arasında olmakla birlikte, bakımsızlıktan yıkılmaya yüz tutmuşlardır.
Ayrıca Uluğ Bey tarafından yaptırılan Uluğ Bey Medresesi, on beşinci asır mimarisinin güzel bir örneğidir. 1536 senesinde yapılan Mir Arab Medresesi ile 1652 senesinde yapılan Abdülaziz Han Medresesi, on altıncı asır mimarisini çok güzel temsil eder. Buhara’da son medrese, 1807 senesinde Niyazi Kul tarafından yaptırılan Dört Kuleli Medresedir.
Rusya’da komünist rejim, iktidarı ele geçirdikten sonra, Maveraünnehr’de birçok ibadet yerlerini yıktılar. Yalnız Buhara vilayetinde 360 cami ve mescid yıktırıldı. Uluğ Bey Medresesini bıraktılar ki, o da din aleyhtarlığı için müze olarak kullanıldı. Buhara kütüphanelerinde bulunan binlerce Kur’an-ı kerim ve hadis-i şerif kitapları başta olmak üzere, bütün dini eserleri toplayıp yakan komünistler, sokaklarda yırtarak ayaklar altında çiğnediler. Halkın evlerinde bulunan dini, milli ve tarihi kitaplara varıncaya kadar toplayıp imha ettiler. Kitapları teslim etmek istemeyen binlerce Müslümanı da hunharca şehid ettiler.
Rus işgalinden sonra başkenti Taşkent olan Özbekistan, Sovyet Sosyalist Cumhuriyetinin bir şehri haline gelen Buhara’da Sovyet idaresine karşı başlatılan silahlı mukavemet 1926 yılına kadar sürdü. 1923 sonunda Buhara hükümeti tamamen Rus kontrolü altına alındı. Halkın büyük bir kısmı Afganistan’a, geri kalanı da kırsal alanlara ve Özbekistan şehirlerine kaçtı. 1930 ve 1940’lı yıllarda da baskılar sebebiyle bir göç daha yaşandı. Şehrin nüfusu tamamen azaldı.
Buhara topraklarından elde edilen doğal gazın boru hattıyla Urallara, Avrupa’nın bir kısmına ve diğer Orta Asya ülkelerine nakledilmesi, şehrin ticarî ve ekonomik yönden önemini arttırmaktadır. Buhara’nın bugünkü nüfusu; Özbekler, Türkmenler, Kırgızlar, Kazaklar, Tatarlar, Uygurlar, Tacikler, Ruslar, Kafkasyalılar, Ukraynalılar ve Yahudilerden meydana gelmektedir. Buhara şehri Özbekistan’ın bağımsızlığını kazanmasından sonra tekrar ilim, kültür ve ticaret merkezi olmaya namzet görünmektedir.
