Çoğunluğu Müslüman olan ziyaretçiler için hemen yanı başında bulunan Kubbet'us Sahra'nın gölgesinde kalsa da Mescid-i Haram'dan sonra yeryüzünde inşa edilen ikinci mescid olması, ziyaretçilerin büyük ilgisini çekiyor. Haçlı Seferleri'nde büyük zarar gören ve birçok kez tamir edilen ya da restorasyondan geçen cami, geçmişte bazı radikal Yahudilerin de saldırılarına maruz kalmıştı.
Yahudilerin Ağlama Duvarı'nın hemen üstünde yer alan caminin alt kısmında ise kazı çalışmaları devam ediyor. Müslümanlar, kazı çalışmalarının camiyi yıkmak için yapıldığını iddia ediyor.
Mescidi Aksa'yı ilk inşa eden kişinin Hz. Süleyman olduğuna inanılıyor. Kur'an-ı Kerim'in Sebe suresinin 14. ayeti kerimesinin tefsiriyle ilgili olarak verilen bilgiler de bunu gösteriyor. Mescidin Hz. Süleyman'ın emriyle cinler tarafından inşa edildiği, inşaat sırasında Hz. Süleyman'ın asasına dayanmış bir şekildeyken vefat ettiği, ancak öldüğünün bir kurt asasını yedikten sonra Hz. Süleyman'ın yere düşmesiyle anlaşıldığı anlatılıyor.
Kubbet'us-Sahra'nın içinde yer alan ve havada durduğuna inanılan Muallak Taşı'nın da bu durumdan korkarak kaçan cinler tarafından bu şekilde bırakıldığı için havada durduğu da çeşitli rivayetler arasında.
Mescidi Aksa, İslam dinindeki en büyük önemini ise Peygamber Efendimiz Hz. Muhammed'in (s.a.s)'in isrâ ve miraç mekânı olmasından alıyor. Ancak Mirac hadisesi sırasında Kudüs'te bugünkü şekliyle bir cami olmadığı biliniyor. Bugünkü caminin yerinde Hz. Süleyman tarafından inşa edilmiş ve daha sonra yıkıma maruz kalıp yenilenmiş olan Mescidi Aksa'nın kalıntıları olduğu ve burasının da Beyt'ül Makdis olarak adlandırıldığı belirtiliyor. MS 638 yılında Hz. Ömer döneminde Kudüs fethedildikten sonra Beyti Makdis'in yerinde Mescid-i Aksa inşa ediliyor. Mescid-i Aksa daha sonra Emevi halifelerinden Abdülmelik bin Mervan zamanında genişletiliyor. Mescid-i Aksa'nın hemen yakınında bulunan sekiz köşeli Kubbet'us-Sahra adlı mabed de Abdülmelik bin Mervan tarafından inşa ettirilmiş.
Mescid-i Aksa, aynı zamanda Müslümanların ilk kıblesi olmuştu. Türkçede "En Uzaktaki Mescit" anlamına gelen mekana "Beyt-i Makdis" veya "Beyt-i Mukaddes" adı da veriliyor.
Mescid-i Aksa ve çevresi, Haçlı Seferleri'nden sonra zarar görmüş ve Hristiyanlığa ait birçok ekleme yapılmıştı. Ancak bu eklemeler daha sonra Selahaddin Eyyubi tarafından kaldırıldı.
Geçmişte Mescid-i Aksa'ya yönelik bazı saldırılar da oldu. bunlardan bazıları şöyle:
* 21 Ağustos 1969: Denis Michael Rohan adlı Avustralyalı bir Yahudi Mescid-i Aksa'yı kundaklama girişiminde bulundu.
* Nisan 1980'de Meir Kahane, Mescid-i Aksa'nın bir köşesine patlayıcı madde koyarak patlatmaya çalıştı.
* 8 Nisan 1982'de bir kez daha Mescid-i Aksa'nın ana girişine patlayıcı madde yerleştirildiyse de cami görevlileri tarafından patlamadan ortaya çıkarıldı.
* 10 Nisan 1982'de Meir Kahane taraftarlarından bir grup militan, zorla Mescid-i Aksa'ya girmek istedi.
* 21 Mart 1983'te Mescid-i Aksa'ya gizli bir yoldan girmek için tünel açıldığı tespit edildi.
* 14 Ocak 1986'da Knesset üyesi bazı parlamenterler askerlerin koruması altında Mescid-i Aksa'ya girmek istediler.
* 8 Ekim 1990 tarihinde Mescid-i Aksa'ya yönelik saldırıda 30 Filistinli hayatını kaybetti, 800'e yakını yaralandı.
* 5 Ekim 2009 tarihinde İsrail, Mescid-i Aksa'ya girişi engelledi.
