İddianamede, 'Ergenekon Silahlı Terör Örgütü'nün hem askeri hem sivil alanda faaliyetlerde bulunduğu, Şener Eruygur'un örgüt içerisinde başlangıçta askeri görevi döneminde ve akabinde emekli olduktan sonraki dönemde yer aldığı, süren nitelikteki bu suçu askerlikle ilişiğinin kesildiği tarihten sonra da işlemeye devam ettiğinin anlaşıldığı savunuldu.
Eruygur'un, 'görev yaptığı dönemde örgütün amaç ve faaliyetleri doğrultusunda, kendi mesleki görev ve yetki alanına girmeyen, konusu Anayasa ve yasalarla yasaklanmış ve suç teşkil eden fiilleri, sivil şahıslarla iş birliği içerisinde işleyerek darbe yoluyla halkı Türkiye Cumhuriyeti Hükümetine karşı silahlı isyana tahrik etmek ve cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya teşebbüs fiillerin içinde bulunduğu' savunulan iddianamede, şu ifadelere yer verildi:
'Mehmet Şener Eruygur'un Jandarma Genel Komutanı sıfatıyla görev yaptığı, bu görevi sırasında askeri görev ve amaçların tamamen dışında ve Ergenekon silahlı terör örgütünün amaçları doğrultusunda kurulduğu açıkça anlaşılan 'Cumhuriyet Çalışma Grubu' adı altında illegal örgütlenmeye gittikleri, bu grubun Türk Silahlı Kuvvetlerinin hiyerarşik yapısına uymayacak biçimde ve tamamen Ergenekon silahlı terör örgütünün hiyerarşik yapısına uygun olarak kurulduğu ve yasa dışı istihbarat faaliyetleri, fişlemeler, arşivlemeler, medya yönlendirmeleri gibi yollarla silahlı örgütün amaçları doğrultusunda faaliyetlerde bulundukları anlaşılmıştır.'
Bu grubun faaliyetleri sırasında, 'dönemin Genelkurmay Başkanını örgütün amaçları doğrultusunda hareket etmemesi nedeniyle istifaya zorlanmasından, yapılacak darbe sonucu tüm kişilerin görevleri ve hapis tutulacakları yerlerden, ABD'nin bu konudaki tepkilerine kadar ayrıntılı planlar yapıldığı, darbe yapılabilmesi için, gerekli toplum desteğinin sağlanması konusunda şüphelinin emrinde çalışan Türk Silahlı Kuvvetlerinde görevli kendisine bağlı alt birimin geniş kapsamlı olarak çalışması yanında, Ergenekon Silahlı Terör Örgütünün sivil unsurlarında görevli bireyler ve üst düzey yönetici kadrosunda bulunan sanıklar İlhan Selçuk, Mustafa Ali Balbay, Sinan Aygün, (Bülent kod) İsmail Yıldız, Ergün Poyraz gibi örgüt üyeleriyle sürekli olarak bizzat görüştüğünün anlaşıldığı' ifade edildi.
Özel istihbarat arşivi
İddianamede, sanık Mustafa Ali Balbay'ın haftada 2-3 defa Eruygur ile görüştüğü ve İlhan Selçuk'un görüşlerini kendisine ilettiğinin Balbay'a ait dijital inceleme raporlarından anlaşıldığı belirtilen iddianamede, şunlar kaydedildi:
'Şüpheli Mehmet Şener Eruygur'un görev yaptığı dönemde cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya teşebbüs eylemlerinde başarılı olabilmek için Ergenekon emrinde bulunan sivil toplum kuruluşlarının da desteği ile kamuoyu ve halk desteğinin oluşturulması amacıyla Cumhuriyet Çalışma Grubunun, birçok faaliyetlerde bulunduğu, bu faaliyetlerle alakalı yapılan masraflardan eylemlere kadar kendisine sürekli raporlar ve brifingler verildiği, bu raporların bir kısmının Cumhuriyet Çalışma Grubu devre raporu ve yıllık çalışma raporları şeklinde kendisine ve Ergenekon üst düzey yöneticilerine yazılı olarak sunulduğu, devre raporlarında önceden Ergenekon Silahlı Terör Örgütünce alınan kararların uygulanması, yapılması planlanan ve yapılabilen konularla alakalı olarak değerlendirme toplantılarının sürdürüldüğü, örgüt tarafından bu konuda özel istihbarat arşivi adı altında illegal arşiv oluşturulduğu, bu konuda yapılan harcamalar ve tutarların, sanık Mehmet Şener Eruygur tarafından onay verilen ödemelere ilişkin belgelerin ele geçirilen belgeler içinde bulunduğu, örgütün amaçları doğrultusunda ve faaliyetleri kapsamında görüşülen birçok kişinin ses ve görüntü kayıtlarının gizlice-illegal olarak kaydedilip örgüt arşivine ulaştırıldığı, örgütün bu özel grubu dışındaki üyelerinin bile haberdar olmadıkları Özel İstihbarat Arşivi oluşturduğu, sanığın tüm bu eylemlerini kendi başına ya da askerlik görevi kapsamında yapmak gibi bir durumunun, yetkisinin, görevinin bulunamayacağı, şüphelinin askerlikle ilişiğinin kesilmesinden sonra da sürdürdüğü tüm eylemlerini Ergenekon Silahlı Terör Örgütünün amaç ve faaliyetleri doğrultusunda, örgütün diğer birimlerinin yardımları ile sivil unsurlar, medya ayağı, örgütün kontrolünde bulunan kuruluşlar ile birlikte gerçekleştirdikleri, Milli Kuvvetler olarak adlandırdıkları Halk Hareketi, Milli Güçbirliği, Meclisteki milli kuvvetler, ulusal medya (Ulusal Kanal vb) Türk Ordusu bileşkesini, cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya teşebbüs etmek şeklindeki eylemlerini gerçekleştirmek için kullandıkları, tamamen örgütsel kontrolde tuttukları kuruluşları, örgütsel organizasyonlarla gerçekleştirdikleri hareketleri, siyasi partilere ve medyaya dönük müdahalelerinin sonuçlarını, örgütsel amaçları doğrultusunda sevk ederek ve kendi konum ve imkanlarını da kullanıp TSK'yı aynı doğrultuda kışkırtarak, bu kadar farklı dinamiği aynı anda ve tek bir merkezden yönetmek suretiyle amaçlarına ulaşmaya çalıştıkları anlaşılmaktadır.'
'Geçmiş dönemde de örnekleri görüldü'
İddianamede, söz konusu dinamiklerin benzer manipülasyonlarla aynı anda hareket ettirilmesi sonucu Türkiye Cumhuriyeti Hükümetlerinin daha önce de ortadan kaldırıldığı, görevlerini yapmasının kısmen veya tamamen engellendiği vurgulanarak, şöyle denildi:
'Bu çerçevede yapılan manipülasyonlar kapsamında, terör olaylarının artmasına göz yumulması, toplumsal kaos ve kargaşa ortamının körüklenmesi, halkın farklı kesimlerinin birbirlerine karşı acımasızca kışkırtılması ve bu doğrultuda medyanında kullanılması suretiyle psikolojik harekat uygulanması gibi faaliyetlerin bulunduğu bilinmektedir.
Bu çerçevede Ergenekon Silahlı Terör Örgütü üyelerinde ele geçen belgeler, dokümanlar, planlar, dijital veriler ve benzeri belgeler, örgütün istihbarat ağının genişliğini, illegal amaçları doğrultusunda toplumsal kesimleri bölmek, birbirine karşı kışkırtmak, amaçları doğrultusunda özel hayat, hayatın mahrem alanları demeden her şeyi ve herkesi kontrol altına almak yönünde kararlılığını göstermektedir. Yine örgütün bazı üyelerinin bu konularda oldukça deneyimli oldukları, örneğin İlhan Selçuk'un 1970 yılında aynı suçlamalarla tutuklandığı, Doğu Perinçek'in birçok defa aynı tür suçlardan yargılandığı kendi beyanlarından anlaşılmaktadır.'
'İCRA HAREKETLERİ...'
İddianamede, sanık Eruygur'un, suça teşebbüs bakımından hazırlık hareketleri bir yana, icra hareketlerine bile başlamış bulunduğuna dair şüphe bulunmadığı kaydedilerek, şüpheli ve diğer örgüt üyelerinin, örgütün amacı doğrultusunda 'milli kuvvetler' diye adlandırdıkları güçleri organize ettikleri ve harekete geçirdikleri, 16 Mart 2004 tarihli günlük notlarında Özden Örnek'in, 'Genelkurmay Başkanını ziyarete gittiği, Jandarma Genel Komutanının darbe girişimlerinden haberdar olduğunu, bütün belgelerin elinde olduğunu, tarihi bir görev olarak da bu belgeleri devletin arşivine geçireceğini söylediği, şüphelinin jandarmaya ait tesislerde eski TBMM Başkanı ve rektörlerle toplantılar yaptıklarını ve bazı şahıslar hakkında fişleme çalışmaları yürüttüğünü ve bir derginin okunması için emir vermiş olduğunun belirtildiği, bu fiillerin tamamının icraata dönüştürüldüğünün kanıtlardan anlaşıldığı' vurgulandı.
ULUSAL BİRLİK PLATFORMU
Yapılan çalışmalar sonucunda sanık Mehmet Şener Eruygur'un 2005 yılında Ulusal Birlik Platformunu Ankara'da oluşturduğu, Semih Tufan Gülaltay'la İstanbul'da gizli toplantılar tertiplediği ve Gülaltay'ın kendisine brifing verdiği ifade edildi. Brifingin amacının bu platformun arkasında emekli orgenerallerin bulunduğunu ve legal bir oluşum niteliği taşıdığını anlatmaya yönelik olduğunun Gülaltay'ın telefon görüşmelerinden anlaşıldığı kaydedilen iddianamede, şöyle devam edildi:
'Milli İktidar Harekatı (MİH) adı altında oluşturulan yapılanma çerçevesinde toplantılar düzenlendiği ve bu toplantıya katılan kişilerin mesleklerine göre ayrıldığı, 'Generaller' başlığı altında ise, emekli Orgeneral Tuncer Kılınç, Tümgeneral Armağan Kuloğlu, Orgeneral Hurşit Tolon, Orgeneral Şener Eruygur şeklinde isminin geçtiği, ayrıca örgüt üyelerinden Güler Kömürcü, Doğu Perinçek, Mustafa Balbay, Tuncay Özkan'ın da isimlerinin geçtiği, Ankara'da Kamran İnan, Ufuk Söylemez ve Mehmet Haberal'ın yönettikleri 1-1,5 aylık sürelerle devam eden yaklaşık 30 civarında kişinin katıldığı, gizli toplantılara şüphelinin de iştirak ettiği, bu toplantılara Yaşar Okuyan, Doğu Perinçek, Yaşar Nuri Öztürk gibi siyasilerin katılmasının, Ergenekon Silahlı Terör Örgütünün ana dokümanında yer alan siyasi partilerin yönlendirilmesi amaçlarına uygun faaliyetlerden olduğu anlaşılmıştır.
Sanık Eruygur'un bir çok defa üniversitelerin üst düzey görevlileriyle görüşmeler yaptığı, üniversitelere seçilecek adaylara kadar çalışmalar yürüttüğü, düzenledikleri toplumsal eylemlere üniversitelerin de katılmasının sağlanması için bazı üniversite rektörleri ve üst düzey görevlileri ile gizli toplantılar yaptıkları görülmektedir.
Eruygur'un emekliliğini müteakip kendi beyanıyla Encümeni Daniş adı altında toplanan kurulun çalışmalarına katıldığı, yine kendi beyanına göre, Encümeni Daniş diye bir oluşumun varlığını, Jandarma Genel Komutanı iken bilmediği, emekli olduktan sonra bu kurulun çalışmalarına davet edildiği anlaşılmaktadır.'