Ziraat Türkiye Kupası'nda gruplar belli oldu. Grup kuraları Türkiye Futbol Federasyonu'nun Riva'daki merkezinde çekildi. Ziraat Türkiye Kupası grup aşamasındaki 32 takım, dörderli 8 grupta çift devreli lig usulüne göre mücadele edecek. Müsabakalar sonucunda gruplarında ilk 2 sırayı alan takımlar, Son 16 Turu'na yükselecek.
Gruplarda ilk maçlar 29, 30 Kasım ve 1 Aralık'ta oynanacak. Kupada grup aşaması 19 Ocak 2017 tarihinde oynanacak maçlarla tamamlanacak. Kura çekiminin ardından oluşan grup eşleşmeleri şöyle:
A Grubu
Kırklarelispor
Şanlıurfaspor
Gaziantepspor
Osmanlıspor
...
B Grubu
Sancaktepe Belediyespor
İnegölspor
Çaykur Rizespor
Kasımpaşa
...
C Grubu
Amed Sportif Faaliyetler
Menemen Belediyespor
Gençlerbirliği
Fenerbahçe
...
D Grubu
Darıca Gençlerbirliği
Boluspor
Kayserispor
Beşiktaş
...
E Grubu
24 Erzincanspor
Tuzlaspor
Elazığspor
Galatasaray
...
F Grubu
Yeni Amasyaspor
Göztepe
Sivasspor
Medipol Başakşehir
...
G Grubu
Aydınspor 1923
Ümraniyespor
Bursaspor
Akhisar Belediyespor
...
H Grubu
Kızılcabölükspor
Gümüşhanespor
Trabzonspor
Atiker Konyaspor
