Büyük Roma İmparatorluğu ile tarih sahnesine giren Ayasofya, ayaklanmalar ve isyanlar nedeniyle üç kez yeniden yapılmış ve pekçok kez de tadilat görmüştür. En kapsamlı tamiri ise Sultan Abdülmecid Dönemi'nde (1839-1861) ünlü İtalyan mimar Fossati tarafından yapıldı.
Türkiye Cumhuriyeti'nin ilanının ardından bir süre daha ibadethane vasfını devam ettiren Ayasofya Camii 1935 yılında Atatürk'ün emri ve Bakanlar Kurulu kararıyla müzeye çevrilmiştir.
Ayasofya'nın Tapusu
1 Şubat 1935'te müze olarak faaliyete geçen bu muazzam caminin tapusu ise Fatih Sultan Mehmet Vakfı'nın üzerine kayıtlı. 19 Kasım 1936 tarihinde düzenlenen tapu evrakında “57 pafta, 57 ada, 7. parselde, Türbe, Akaret, Muvakkithane ve Medreseden oluşan Ayasofya-i Kebir Camii Şerifi, Ebulfetih Sultan Mehmet Vakfı üzerinedir" deniliyor.