İkinci Ergenekon davasının İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce Silivri'de görülen 89. duruşmasında eski İnönü Üniversitesi rektörlerinden Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu, 'Askeri darbeye zemin hazırlamak' suçlamasına karşılık "Siviller tarafından planlanmış tek bir darbe örneği yoktur. Elverişli vasıtalara sahip olmayan sivillerin darbe yapmaya teşebbüs ettiklerini iddia etmeyi akıl ve mantıkla nasıl bağdaştırabiliriz?" sözleriyle kendini savundu. Hilmioğlu'nun savunması, Ergenekon ve Kafes Eylem Planı ile bağlantıları olduğu iddia edilen Zirve Yayınevi Davası'nda tanık olarak dinlenen Erhan Özen'in son iki duruşmada verdiği ifadelerle çelişkiler oluşturdu.
Malatya'daki Zirve davasının 28. duruşmasında yazılı ifadesi okunan Özen, 29. celsede ise bizzat tanık olarak dinlenmişti. Özen, Zirve Yayınevi cinayetinin azmettiricisi olduğunu söylediği Varol Bülent Aral ile Ergenekon davası sanıkları emekli Tuğgeneral Veli Küçük ve emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin'in irtibatlı olduğunu söylemişti. Kendisinin 1997-2005 yılları arasında JİTEM için çalıştığını kaydeden Özen, kendi ekibinin ve Muzaffer Tekin'le bir araya geldiğinde Varol Bülent Aral'ın konuşulduğunu belirtmişti. 2004 senesinde Muzaffer Tekin, Veli Küçük ve Levent Ersöz'ün Sarıyer Kalender Orduevi'nde bir araya gelip, Malatya'daki misyonerlik faaliyetleri üzerine görüşme yaptığını kaydeden Özen, bu toplantıda bölgede misyonerlere dönük bir operasyon kararı alındığını ifade etmişti. Toplantıda, suikast tarihinin tam belirlenmediğini söyleyen Özen, ancak bu görüşmenin ardından bölgede operasyon faaliyetleri için hazırlıkların başlatıldığını iddia etmişti.
O dönem İnönü Üniversitesi rektörünün de Veli Küçük ve ekibinin faaliyetlerine destek verdiğini savunan Özen, Muzaffer Tekin'in bölgedeki üniversite yöneticileriyle özellikle de İnönü Üniversitesi'nin rektörü ile sık sık görüştüğünü kaydetmişti. Özen, Zirve davası için verdiği ilk ifadesinde de misyonerlik faaliyetlerinin 'JİTEM bölge komutanı ve İnönü Üniversitesi rektörü tarafından da izlendiği' iddiasında bulunmuştu.
