İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen Ergenekon davasına tutuklu sanıklardan emekli Tuğgeneral Levent Ersöz, Başkent Üniversitesi eski rektörü Mehmet Haberal, İbrahim Özcan ve Ersin Gönenci katılmadı. Aralarında gazeteciler Tuncay Özkan ile Mustafa Balbay'ın da aralarında bulunduğu diğer 29 tutuklu sanık ise duruşmada hazır bulundu. Tutuksuz sanıklardan emekli Orgeneral Hurşit Tolon, Uludağ Üniversitesi eski Rektörü Mustafa Abbas Yurtkuran, 19 Mayıs Üniversitesi eski rektörü Rıza Ferit Bernay, Muhterem Bağcı da duruşmaya katıldı. İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi'nde tedavi görmekte olan davanın tutuklu sanığı Fatih Hilmioğlu'nun ise savunmasını yapmak üzere doktor nezaretinde duruşma salonundaki yerini aldığı gözlendi. Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, üye hakimlerden Hasan Hüseyin Özese'nin, sağlık sorunu nedeniyle duruşmaya katılamadığını, Özese'nin yerine yedek üye hakim Hüsnü Çalmuk'un duruşmaya çıktığını söyledi.
Tutuklu sanıklardan Mustafa Balbay, duruşmanın başlamasıyla birlikte talebi olduğunu belirterek söz aldı. 20 Kasım 2009 günü sorgum yapıldığı sırada Savcı Pekgüzel'e, darbe günlükleriyle ilgili bir soruşturma açılıp açılmadığının sorulduğunu hatırlatan Balbay, "Pekgüzel, darbe planlarının bu davanın özü olduğu şeklinde açıklama yaptı. Benden elde edilen notların da bu darbe günlüklerinin doğrulayıcısı olduğu iddia edildi." diye konuştu. Emekli 3 Kuvvet Komutanı hakkında darbe günlükleriyle ilgili verilen yetkisizlik kararını da hatırlatan Balbay, "İddia makamı davanın özünü ayırmış gözüküyor. Yargılamanın bize yönelik bir darbe iddiasından çok hukuka karşı darbeye dönüşmüştür. Sayın heyetinizin bu konudaki iddiaları tekrar gözden geçirmesini ve yeni bir değerlendirme yapmasını talep ediyorum." diye konuştu.
Sanık Balbay'ın talebinin ardından Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, sanık Hilmioğlu'nun doktor Mustafa Sevinç gözetiminde duruşmada hazır bulunduğunu belirterek savunmasını yapması için sanık kürsüsüne gelmesini istedi. Örgüt üyeliği, darbeye zemin hazırlamak ve yasadışı fişleme yapmakla suçlanan Hilmioğlu, kimlik tesbiti sırasında 3 bin TL emekli maaşı aldığını söyledi. Emekli olduktan sonra kendisi gibi hastanede tedavi gören ve duruşmalara hiç katılmayan davanın diğer tutuklu sanığı Mahmet Haber'ın kuruculuğunu yaptığı ve sahibi bulunduğu Başkent Üniversitesinde çalışmaya başladığını belirten Hilmioğlu'nun, "İşe gitmiyorum ama 5 bin TL de oradan alıyorum." demesi dikkat çekti. Hilmioğlu'nun kimlik tespitinin ardından Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, sanık Hilmioğlu hakkında iddianamede geçen suçlamaları, hatırlatmak anlamında okuyacağını açıkladı.
