İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen Ergenekon davasının 89'uncu duruşmasında Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, tutuklu sanık Hilmioğlu hakkındaki bölümü okudu. Daha sonra da sanık Hilmioğlu'ndan yasal haklarını anlatarak savunmasını yapmasını istedi. Savunmasının ilk bölümünü dava hakkındaki bir değerlendirmeden oluşan sunuma ayıran Hilmioğlu, yaklaşık 1,5 saat boyunca ayakta, hazırladığı yazılı metni okudu.
Sanık Hilmioğlu, sunumunun ardından duruşmaya ara verilmesini istedi. Kısa bir aranın ardından Hilmioğlu savunmasına geçeceğini söyledi. Hilmioğlu, bu bölümde, savunmasına oturarak devam etti. Soruşturma kapsamında hazırlanan 3'üncü iddianamede kendisinin sanıklar arasında yer aldığını ve 2'inci iddianame ile 3'üncü iddianamenin birleştirilerek tek dava haline getirildiğini hatırlatan Hilmioğlu, ileride birleştirilme ihtimalini de göz önünde bulundurarak birinci iddianame dahil, üç iddianame için kendisiyle alakalı değerlendirmede bulunacağını söyledi. İlk iddianamenin 33 ile 518 sayfaları arasında iddia olunan örgüt yapılanması ve sanıklar hakkında değerlendirmenin bulunduğunu belirten Hilmioğlu, "Bu iddianamede bahsedilen örgütün sivil yapılanması ve üniversite yapılanmasında benim adımdan bahsedilmemektedir." diye konuştu.
İkinci iddianamenin ise 25 ile 461'inci sayfaları arasında bir değerlendirme yapıldığını hatırlatan Hilmioğlu, burada da kendisi hakkında suçlayıcı hiçbir ifadenin kullanılmadığını söyledi. İkinci iddianamede şüpheli, sanık, tanık ya da gizli tanık olarak yüzlerce kişinin ifadesinin yer aldığını ifade eden Hilmioğlu, adının sadece 5 yerde geçtiğini belirtti. Değiştirilecek olan YÖK yasasıyla ilgili endişelerini dile getirmek için Jandarma Genel Komutanlığı'na diğer rektörler ve askerler dahil toplam 20 kişilik bir ziyaretin de bu 5 bölüm içerisinde yer aldığını kaydeden Hilmioğlu, bu görüşmenin gizli olarak lanse edildiğini savundu. Daha sonra aynı konuyla ilgili olarak Kent otelde bir yemeğe katıldığını belirten Hilmioğlu, yemekte bulunan 4 rektörün şüpheli olarak dahi isminin iddianamede yer almadığını, diğer 3 rektörden ise sadece kendisinin tutuklu olarak yargılandığını söyledi. Hilmioğlu, bu nedenle hukuktaki eşitlik ilkesinin ihlal edildiğini ileri sürdü.
İkinci iddianamede Mustafa Balbay'a ait olduğu iddia edilen günlüklerde 3 Mart 2004 tarihinde Hilafetin kaldırılmasının yıl dönümü nedeniyle Atatürkçü Düşünce Derneği'nin ATO konferans salonunda bir toplantı düzenlediğinin belirtildiğini ifade eden Hilmioğlu, bu toplantıya kendisi ile birlikte toplam 30 rektörün katıldığını söyledi. Hilmioğlu, bu toplantıda tesadüfen karşılaştıkları İlhan Selçuk ve Mustafa Balbay ile yemek yediklerini, bu yemekten öncesine ya da sonrasına ilişkin Selçuk ile bir irtibatları olmadığını söyledi. İddianamede bunun bir örgüt toplantısı olarak yer aldığını belirten Hilmioğlu, "Bu yemek aleni olarak yapıldı. İlhan Selçuk ile irtibatım olmadı. Olmasından da gocunmam ama örgüt yemeği olarak gösterilmesini kabul etmiyorum." şeklinde konuştu. Sanık Hilmioğlu, ATO konferans salonunda Lions Clup tarafından düzenlenen ödül törenine de Tuncer Kılınç ile birlikte katıldıklarını söyledi.
