Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen Zirve Yayınevi davasında, tanık Erhan Özen'in ifadeleri, Kafes Eylem Planı'ndaki belgeler, iki davanın birleştirilmesini gündeme getirdi. Kafes Eylem Planı davasının iddianamesinde, 'Zirve Yayınevi cinayetleri 'operasyon' olarak yer almış, Rahip Santoro, Malatya Zirve Yayınevi ve Hrant Dink operasyonları sonrasında, Türkiye'de yaşayan gayrimüslimlerin irticai grupların hedefinde olduğu yönünde kamuoyu oluşmuş, ancak AKP tarafından, karşıt medyanın da desteğiyle, söz konusu olayların Ergenekon tarafından organize edildiği şeklinde yoğun propaganda faaliyetlerinde bulunulmuştur.' ifadesi yer almıştı.
Birleştirme taleplerine karşılık, 6 sanıklı davada sanık avukatlarından Mert Eryılmaz, iki dava arasında hukuki ve fiili bağlantı olduğunu gösterir somut delil elde edilmediğini savundu. Davada meşhur olmak isteyenlerin tanık olarak dinletildiğini iddia eden Eryılmaz, şöyle devam etti: "Kafes Eylem Planı davası olarak bilinen dava ile Zirve Yayınevi davasının olası bir birleşmesi yargılamanın boş yere daha da uzamasından başka bir işe yaramayacaktır. Bu sebeple Kafes Eylem Planı davası ile Zirve Yayınevi davasının birleştirilmesine karşıyız. Keza yargılamanın meşhur olma kaygısıyla tanık olarak ifade veren, vermek isteyen şahıslar sebebiyle uzatılması da usulle, hakkaniyetle hiçbir şekilde bağdaşmamaktadır. Zirve Yayınevi nitelik olarak karmaşık bir dava olarak kabul edilebilir. Ama buna rağmen bu durum, 4 seneye yakın bir zamandır süren bu davanın karmaşıklığı ile açıklanamaz. Soruşturmanın ve yargılamanın gereği gibi yapılmaması ve uzun sürmesi kişilerin adil yargılanma hakkının ihlalidir."
Malatya'da, 18 Nisan 2007'de Zirve Yayınevi'nde çalışan Alman uyruklu Tilman Ekkehart Geske ile Necati Aydın ve Uğur Yüksel bıçaklanarak öldürülmüş, zanlılardan Salih Gürler (20), Cuma Özdemir (20), Hamit Çeker (19) ve Abuzer Yıldırım (19) olay yerinde yakalanmıştı. Üçüncü katın penceresinden kaçmaya çalışırken düşerek yaralanan Emre Günaydın, İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi'ndeki tedavisinin ardından çıkarıldığı mahkemece tutuklanmıştı.
