Marmaray Yenikapı istasyonunda özel güvenlik ekipleri, Kazlıçeşme istikametinde sahipsiz bir paket olduğunu fark etti. Paketten şüphelenen güvenlik ekipleri, olayı polise bildirdi. İstasyona gelen polis ekipleri geniş güvenlik önlemleri alırken, bölgeye bomba imha uzmanları sevk edildi. Bomba imha uzmanları, ilk kontrolün ardından paketi fünle ile patlatmaya karar verdi. Bunun üzerine bomba imha uzmanı ekiplerinin eşyaları el arabasıyla taşınarak asansör marifeti ile istasyona indirildi.
Marmaray'daki seferler durdurulurken içerideki yolcular dışarıya çıkartılmaya başlandı. Dışarıdan gelen yolcular ise istasyona alınmadı. Yetkililer, yolcuların paniğe kapılmaması için olayın teknik bir arıza olduğunu duyurdu. Dışarıya çıkartılan yolculardan kimi teknik arıza varmış derken kimisi de "Şüpheli paket var. Bomba olabilir" ifadelerini kullandı.
İstasyon boşaltıldıktan sonra bomba imha uzmanı, şüpheli paketi fünye ile kontrollü bir şekilde patlattı. Patlatılan paketin boş çıkması ile herkes rahat bir nefes aldı. Dışarıda bekleyen yolcuların içeriye alınması ile birlikte yaklaşık 15 dakika aksayan Marmaray seferleri yeniden başlatıldı.