Ankara-İstanbul Yüksek Hızlı Tren hattının kuşların göç yolu üzerinde bulunduğu bu nedenle hergün 600 civarındaki kuşun YHT'ye çarparak öldüğü öne sürüldü. Seferlerden sonra YHT lokomotifinin önündeki kan izleri de, bu iddiayı doğruluyor. TCDD ise hızlı tren hattının kuşların göç yolu üzerinde olmadığını açıkladı.
CHP Çanakkale Milletvekili ve TBMM Çevre Komisyonu üyesi Serdar Soydan, Yüksek Hızlı Tren hattı güzergah seçiminde hata yapıldığını ve hergün yüzlerce göçmen kuşun telef olduğunu söyledi. Soydan, ''TCDD, kuşların yoğun olarak bulunduğu yerlerde risk değerlendirmesi yapmalı. Buralarda trenler bariyerlerle kapatılabilir ve muhtemel kuş ölümleri ile kazaları önlemek mümkün olabilir" dedi.
TCDD Genel Müdürlüğü ise Yüksek Hızlı Tren hattının kuşların göç yolu üzerinde olduğu iddialarını yalanladı ve ''YHT hattı kuşların göç yolu üzerinde bulunmamaktadır. 2006 yılında hazırlanan Çevresel Etki Değerlendirme raporunda bu hatta önemli ve hassas kuş alanı olmadığı tespiti yapılmıştır'' açıklaması yaptı.