CHP ve MHP'nin Cumhurbaşkanı adaylığı için üzerinde uzlaştığı Ekmeleddin İhsanoğlu'nu Türkiye geçtiğimiz aylarda devrettiği İslam Konferansı Örgütü Genel Sekreterliği görevi ile tanıdı. İKK Genel Sekreteri olarak dünyadaki gelişmelere karşı pasif olmakla ve İslam coğraflarındaki zulümlere ses çıkarmaması ile eleştirilen İhsanoğlu son olarak, Mısır'da Cumhurbaşkanı Mursi ve Müslüman Kardeşler'e karşı yapılan kanlı asker darbeye "darbe" diyememesi ile dikkat çekti. Bu tavrı nedeniyle büyük bir eleştiri alan İhsanoğlu, 2005'te İKK Genel Sekreteri olması için yoğun destek gördüğü AK Parti iktidarının da yoğun eleştirdiği isim oldu.
Mısır'daki kanlı darbeden sonra Milliyet Gazetesine konuşan İhsanoğlu, "Batı sürecin adını koymakta kararsız gibi, üzüntüyle izliyoruz havasındayken, Türkiye ise açık bir darbedir diyor" sorusuna
"Bizim duruşumuz net. Bazı ülkelerin münferit açıklamaları bizimle ilgili değil..." şeklinde yanıt vererek eleştiri oklarını üzerine çekti.
AK Parti Genel Başkan Yardımcısı Hüseyin Çelik, "İslam İşbirliği Teşkilatı Genel Sekreteri Prof. Dr. Ekmeleddin İhsanoğlu'nun ne iş yaptığını bilen var mı? Bu zat, darbeden sonra Mursi'yi suçlamıştı. Prof. Dr. İhsanoğlu'nun İİT Genel Sekreteri seçilmesi için Sayın Cumhurbaşkanımızın ve Sayın Başbakanımızın büyük çabalarını hatırladıkça yazık diyorum" açıklamasını yaptı.
İhsanoğlu'na bir sert tepki de dönemin Başbakan Yardımcısı Bekir Bozdağ'dan gelmişti. Bozdağ, İslam İşbirliği Teşkilatı (İİT) Genel Sekreteri Ekmeleddin İhsanoğlu ve İİT'nin Mısır'daki katliamla ilgili tutumunu sert bir dille kınadı. Bozdağ, onurlu tavrın İhsanoğlu'nun istifa etmesi olduğunu belirterek şunları söylemişti: "Adında İslam olan bir teşkilatın genel sekreteri olarak devletlerin dışında genel sekreterin yapacağı bir şey vardır. Genel sekreter sadece orada oturan biri değil. Devletlere, 'Mısır'da yangın var, bu kadar kadın, çocuk, insan, masum öldürülüyor. Öldürenler bu zulmü yapıyor. Buna karşı biz İslam İşbirliği Teşkilatı olarak bir tavır geliştirmeliyiz' diye bir fikir götürdü mü?"
İslam İşbirliği Teşkilatı (İİT) Genel Sekreteri Ekmeleddin İhsanoğlu, ABD'de ünlü komedyen John Stewart'ın milyonlarca takipçisi bulunan The Daily Show şovuna katılarak komedyen John Oliver'in skecinde yer aldı. İhsanoğlu'nun İİT Genel Sekreteri olarak İslam dünyasının sesini duyurma görevini, Oliver'in genellikle Müslümanlarla alay eden hatta bir ara daha ileri giderek, Pakistan ve Afganistan'daki Müslümanlar olmak üzere binlerce masum insanı katleden insansız hava aracına selam verdiği 'sıra dışı' röportajına katılarak yerine getirmeyi tercih etmesi makamına gölge düşürdüğü yorumlarına neden oldu.