Cumhuriyet Savcısı Sıddık İlgar, Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı'nın yetki sınırları içerisinde bulunan Taraf gazetesinin 28 Kasım 2013 tarihli nüshasının birinci sayfasında, Mehmet Baransu imzalı "Gülen'i bitirme kararı 2004'te MGK'da alındı" başlıklı haberin yer alması üzerine resen soruşturma başlattı. Soruşturma, "İşte çok tartışılacak o belge" başlığı altında Baransu'nun yayınlanması ve açıklanması kanunen yasak olan "25 Ağustos 2004 tarihli ve Karar No:481 sayılı MGK kararını" yayınlamak ve açıklamak suretiyle Türk Ceza Kanunu'nun 327, 328, 329 ve 336. maddelerinde hükme bağlanan "Devlet Güvenliğine ilişkin belgeleri temin etmek ve açıklamak", "Siyasal ve askeri casusluk" ve "Yasaklanan bilgileri açıklamak" suçları kapsamında gerçekleştirilecek.
Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı, soruşturma evrakını yetkisizlik kararıyla Terörlü Mücadele Kanunu'nun 10. Maddesi uyarınca İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.