Hizmete girdiği ilk günde Marmaray , 300 bin civarında yolcu taşıdı. TCDD gelen talebi karşılamak üzere sefer sayılarını artırdı.
Bunun yanı sıra gün içerisinde bazı yolcuların hatta sürekli gidip geldikleri gözlendi. TCDD, yolcu yoğunluğunun beklenenin üzerinde olması nedeniyle bazı önlemler almak zorunda kaldı. Bu sebeple ilk Sirkeci İstasyonu'nda trenlere duruş verilmedi.
TCDD yetkilileri, mümkün olduğunca çok kişinin Marmaray'dan faydalanmasını sağlamak için yolculardan sürekli git-gel yapmamalarını, Marmaray’ı ihtiyaçları ölçüsünde kullanmalarını istedi.
Marmaray'ın hizmete girdiği ilk gün TCDD yetkilileri 200 bin civarında yolcu taşınacağını tahmin ediyorlardı.