Hazırlanan iddianame İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilmiş, ilk duruşma ise 16 Aralık 2010'da yapılmıştı.
250'si tutuklu 365 sanığın yargılandığı dava bir buçuk yıldan fazla sürdü. 21 Eylül 2012'de biten davada, 325 sanık ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına mahkum edilmiş ancak "eksik teşebbüs" gerekçesiyle cezalarında indirime gidilmiştİ.
Mahkeme, eski Hava Kuvvetleri Komutanı emekli Orgeneral Halil İbrahim Fırtına, eski Deniz Kuvvetleri Komutanı emekli Oramiral Özden Örnek, eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan'a ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası vermiş ancak gerekçeyle birlikte cezalarını 20 yıla indirmişti.