Müsteşarlığın 2013-2017 yıllarını kapsayan stratejik planı yayımlandı. Terörle mücadeleye ilişkin politika ve stratejileri geliştirmek, bu konuda ilgili kurum ve kuruluşlar arasında koordinasyonu sağlamak görevini yürüten müsteşarlığın vizyonunu, "toplumsal kurumların ve halkın desteğini alarak terör tehdidinin ortadan kaldırılmasında öncü rol oynayan, ulusal ve uluslararası düzeyde söz sahibi bir kurum olmak" oluşturuyor.
Planda kurumun amaçları ise şöyle sıralanıyor:
"Çok boyutlu ve çözüm odaklı politika ve stratejiler geliştirerek terörle mücadelede etkinlik sağlamak. Terörle mücadeleye ilişkin politika ve stratejilerin uygulanmasında ilgili kurum ve kuruluşlar arasında koordinasyonu sağlayarak işbirliğini artırmak. Terörle mücadele politikaları kapsamında etkin bir iletişim ortamı oluşturmak. Kurum amaçlarının başarılı bir şekilde gerçekleştirebilmesi için idari ve kurumsal kapasiteyi geliştirmek."