Nasreddin Hoca'nın mezar yeriyle ilgili tartışma yeni bir boyut kazandı. Eskişehir Sivrihisar'da eski bir mezarlıkta bulunan ve senelerce Ulu Cami'nin kütüphanesinde muhafaza edilen taş sandukanın Nasrettin Hoca'nın mezarına ait olduğu tespit edildi. Selçuklu dönemine has özellikler taşıyan sandukadaki yazıyı Anadolu Üniversitesi (AÜ) Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Öğretim Üyesi Doç. Dr. Mehmet Mahur Tulum deşifre etti.
2003'te aynı mezarın bitişiğinden Nasreddin Hoca'nın kızı Fatma Hatun'un kemiklerinin çıkarıldığını hatırlatan AÜ Sanat Tarihi Bölüm Başkanı Prof. Dr. Erol Altınsapan "Sandukanın saklandığı yıllar boyunca taşı ilk okuyan kişiler, bunu Nasreddin Hoca'nın oğlu Ömer'e ait olduğunu söylemiş. Ancak Doç. Mahur Tulum mezarda 'Burada yatan kişi Şemseddin oğlu Nasreddin Hoca'dır' yazısını okudu. Sivrihisar'ın Hortu köyünde doğan Hoca'nın mezarının nerede olduğu konusundaki tarihsel belirsizlik sona erdi" dedi. Araştırmacılar 1284 yılında ölen Nasreddin Hoca'nın Konya Akşehir'e mi yoksa Eskişehir Sivrihisar'a mı defnedildiğini yıllarca tartışmış, hatta ünlü halk bilgesinin aslında Kütahyalı olduğu da iddia edilmişti.