Tarih boyunca birçok büyük deprem
yaşamasına rağmen günümüze kadar ayakta kalabilen, Sakarya Beşköprü'de bulunan tarihi Justinyanüs Köprüsü, Sakarya BİLSEM'li öğrencilerce incelendi. Coğrafya alanı öğrencilerinden Rana Lomlu ve Senanur Güzel tarafından yapılan inceleme ve araştırmada, bir zamanlar köprünün altından aktığı düşünülen Sakarya Nehri'nin akış yönü ile ilgili ilginç ayrıntılara rastlandı. Köprü ayaklarında bulunan mahmuzların sivri tarafının kuzeye bakması akıllarda büyük bir soru işareti bırakıyor. Bu durum, nehrin akış yönünün bilinenin ve düşünülenin aksine kuzeyden güneye doğru olma ihtimalini ortaya çıkıyor.
Bilim adamları arasında da farklı görüşleri beraberinde getiren bu konuda farklı teoriler bulunuyor. Hamit İnandık, bu köprünün hiç şüphesiz Sakarya gibi büyük bir akarsu için inşa edilen bir köprü olduğunu, köprünün "asla uyumaz imparator" lakaplı Justinyen'in geniş bir projesinin başlangıç kısmına ait bulunduğunu, fakat Justinyen'in 565 yılında ölmesiyle projenin yarım kaldığını söylüyor.
Hamit İnandık, nehrin akış yönü ile ilgili ise, çok önemli bir bulguyu paylaşıyor. Buna göre Beşköprü batısında 50 metre kadar yüksekte bulunan kırmızı kumtaşı ve çakıltaşı yalnızca Adapazarı'nın kuzeyindeki paleozoik arazide bulunuyor. Bu durumda bu taşları buraya bir akarsuyun taşıdığı ve bunun da vadide güneye doğru bir akarsuyun aktığının kanıtı olduğu kabul ediliyor.
Bir başka araştırmacı Von der Goltz ise, nehrin Erenler Tepesi etrafından dolaştırılarak bu vadiye kanalize edilmek istendiğini, buradan Sapanca ve İzmit Körfezi'ne akıtılmasının düşünüldüğünü ve köprünün bu proje kapsamında yapıldığını ifade ediyor.
Bizans tarihçisi Pachymeres'in verdiği bilgiye göre, 14. yüzyılda bir ilkbahar mevsiminde yağmurlarla kabaran Sakarya Nehri yatak değiştirmiş ve Justinyanüs Köprüsü'nün altından akmış fakat bir süre sonra tekrar eski yatağına dönmüş.
Justinyanüs Köprüsü'nün altından geçen nehrin hangi yönde aktığı ile ilgili şüphelerin bulunmasında, vadideki eğimin çok az olması etkili oluyor. Beşköprü vadisinin güneyi 34 metre, kuzeyi 30 metre seviyesinde bulunuyor ve günümüzde bu vadiden akan Çark suyu, vadide yüzde 0.2 eğimle ilerliyor. Bu durum da, vadide akışı tersine çevirmek ya da tarihte günümüzdekinin tersine akması, küçük bir yer hareketi ya da birikme ile eğim yönünde kolaylıkla oluşacak değişiklikle birlikte mümkün olduğu yorumuna sebep oluyor.