Spor Toto 3. Lig'de 2012-2013 sezonu grup kura çekimi Ankara Marriott Otel'de yapıldı. Kura çekiminde TFF yöneticilerinin yanı sıra kulüplerin temsilcileri de hazır bulundu.
2012 - 2013 sezonunda Spor Toto 3. Ligi 3 grupta oynanacak. Gruplar belli olurken, fikstür çekimi ise ileri bir tarihte yapılacak.
Spor Toto 3. Lig gruplarını oluşturan takımlar şöyle:
1. GRUP
Tekirova Belediyespor
Ankara Demirspor
Orhangazispor
Diyarbakır B. Ş. Bld.
Sandıklı Belediyespor
Siirtspor
Belediye Vanspor
Kırıkhanspor
Çorumspor
Bergama Belediyespor
Gölcükspor
Kastamonuspor
Pazarspor
İstanbulspor A. Ş.
Fatih Karagümrük
Anadolu Üsküdar
Kayseri Şekerspor
Beşikdüzüspor
2. GRUP
Manavgat Evrenseki
Hacettepe
Bursa Nilüferspor A. Ş.
Belediye Bingölspor
Aydınspor 1923
Batman Petrolspor
Adıyamanspor
İskenderunspor 1967
Menemen Belediyespor
Gebzespor
Derince Belediyespor
Kilimli Belediyespor
Refahiyespor
Silivrispor
Dardanelspor A. Ş.
Ümraniyespor
4 Eylül Belediyespor
Yalıspor
3. GRUP
Keçiörengücü
Oyak Renaultspor
Diyarbakırspor
Elazığ Belediyespor
Emrespor
Mardinspor
Kahramanmaraş Belediyespor
Çorum Belediyespor
Altınordu
Kocaelispor
Darıca Gençlerbirliği
Gümüşhanespor
Erzurum B. Ş. Bld.
Sancaktepe Belediyespor
Beylerbeyispor
Maltepespor
Yozgatspor A. Ş.
Arsinspor