ABD'de federal mahkeme, komisyonda bir süre görev yapmış olan Safiya Ghori-Ahmed'in Müslüman olduğu için dışlayan komisyonu suçlu buldu. Ahmed'in davasında, komisyon üyelerinin, özellikle de Hıristiyanların azınlıkta olduğu ülkelerde dini özgürlük konusunda çalışan avukat Nina Shea'nın taraflı tutumuna dikkat çekildi.
Raporların yazımıyla da sorumlu olan Shea'nın, bir dönem komisyonda görev yapan ve uğradığı ayrımcılık sonrası işi bırakmak zorunda kalan Ahmedi hakkında, 'Onu Pakistan'daki dini özgürlükleri araştırmaya göndermek, bir IRA'lıyı 20 yıl önce İngiltere'ye göndermek gibidir' dediği belirtildi.
Komisyon üyelerinin görev verdikleri Ahmedi'nin dini inanışını ve Müslüman Amerikalılar için yaptığı avukatlık çalışmalarını sonradan öğrendiği kaydedilirken, USCIRF Direktörü üzgün olduğunu söylemekle yetindi.
YENI ŞAFAK'ın haberine göre ; Komisyonun mart ayında yayımladığı '2012 Yılı Dünyada Dini Özgürlükler Raporu' tartışma konusu olmuştu. Dışişleri Bakanlığı, Türkiye'yi 'özel kaygı uyandıran ülkeler' listesine alan rapor hakkında 'Bizim için yok hükmündedir' açıklamasını yapmıştı.