Bizans İmparatorluğu'ndaki taht kavgaları gün geçtikçe büyüyordu, bu nedenle Bizans tahtını ele geçirmek isteyen Kantakuzen, o dönemde Konstantinopolis'u almak için fetih hazırlıklarında olan Osmanlı Devleti hükümdârı Orhan Bey'den yardım istedi. Türklerin Rumeli'ye geçişini kolaylaştıracağını bildiği için Orhan Bey bu çağrıya olumlu karşılık verdi. Orhan Bey'in oğlu Süleyman Paşa komutasındaki ordunun yardımı ile karşıklıklar bastırıldı ve Kantakuzen Bizans tahtını devraldı.
Bizans imparatoru olan Kantakuzen tahtı devralmasına karşın kendisine muhalefet edenler ve Balkanlar'daki kavimlerin çıkardığı isyanlar ile başa çıkamıyordu. Bu nedenle tekrar Orhan Bey'in yardımına baş vurdu. Osmanlı yardım teklifini tekrar kabul etti ve isyanları bastırdı. Bizans İmparatoru Kantakuzen, Osmanlı Devleti'ne yardımlarına bir karşılık olarak Gelibolu'da bulunan Çimpe Kalesi'ni verdi.
Osmanlı'nın kolladığı fırsat artık elindeydi ve Osmanlı Devleti bu kaleye askerî mühimmat ve asker stoğu yaptı. İleriki zamanlarda Rumeli'de yapacağı fetihler bu kale sayesinde gerçekleşmiştir.
İstanbul' un fethi sonrası
Tekirdağ, Bolayır, Keşan, Malkara, Çorlu ve Lüleburgaz'ı alarak, Çatalca ve Silivri'ye dek ulaşan Osmanlı orduları Bizans'ın kalbinin, Konstantinopolis'in diğer devletlerle bağlantısını tamamen kesmiş, hem Asya'dan hem de Avrupa'dan Osmanlı Devleti, Bizans İmparatorluğu'nu çevrelemiştir. Konstantinapolis'i fethinden sonra Osmanlıların Yunan topraklarında olan ilerlemeleri devam etmiştir. 1458 yılında Atina'yı, 1460 yılında Mora Yarımadası'nı almış, Venedikliler ve Cenevizliler her ne kadar bazı Yunan adalarını bırakmamışsa da 1500 yılına gelindiğinde Osmanlı Devleti Ege Denizi'ndeki adaların pek çoğunu ele geçirmiştir. Bunu müteakiben 1571 yılında Kıbrıs, 1670 yılında da Girit alınmış ve hiçbir zaman Osmanlı hâkimiyetine girmeyen İyon Adaları hariç Yunan yaşayan hemen her yer Osmanlı sınırları içine katılmıştır.
Yönetim
Osmanlı Devleti, Yunanistan'ı aldığında Millet Sistemi'ni uygulamış, dinlerini, dillerini, görünüşlerini değiştirmelerine zorlanmamıştır. Osmanlı Devleti, Yunanistan’ı alınca iki göç dalgası yaşandı, birincisi bilim ve sanat adamlarının Roma’ya göçü, ikincisi Osmanlı’nın askeri ve yönetimsel işlerini zora soktuğu için Yunanistan’ın engebeli dağlarında yaşayan köylülerin yaptığı göçtür. Yunanistan topraklarında Tımar ve Zeâmet sistemini uygulayan Osmanlı, arazileri gerekli gördüğü kişiler üzerine zimmetlemiş, satmamak ya da miras göstermemek suretiyle kişilerin kullanımına bırakmıştır. Yunanistan, her biri İstanbul'daki Sultan'a bağlı bir sancakbey tarafından yönetilen 6 sancağa bölünmüştür.
Din
Osmanlı sultanı Yunan Ortodoks kilisesinin patriğini imparatorluk içindeki tüm Yunanlar'ın lideri ilân etmişti. Patrik, sultana karşı Yunanlar'ın sorun çıkarmadan yaşamasından sorumluydu. Bu nedenle tüm patriklere düzeni sağlamalarına yardımcı olabilmesi için geniş yetkiler verilmiştir. Patrikhane'ye kiliselerin yanı sıra imparatorluk içindeki okul ve mahkemelerdeki Yunan vatandaşlarında işlerini de kontrol etme yetkisi verilmişti.
Bu nedenle papazlar da Yunan köylerinin birinci dereceden etkili idarecisi durumuna geldi. Fakat bir çok Yunan yerleşim yeri tamamen Osmanlı idaresi altındayken, Atina ve Rodos gibi bazı Yunan şehirleri kendi belediyelerini kendileri yönetmiş, Türk idareciler işin içine girmemiştir. Bazı şehirler ise aldıkları ayrıcalıklar nedeni ile fiilen bağımsız sayılmıştır. Fakat onlarda Katolik Venedikliler ile muhatap olmaktansa, Osmanlı'nın toleranslı yönetimine daha yakın durmuşlardır, bu nedenle Osmanlılar ile Venedikliler savaş dönemine girdiğinde Osmanlı'nın yanında yer almışlardır.
Birçok Yunan Osmanlı'nın gayrimüslimlere uyguladığı ayrımcılık ve farklı muameleden kurtulmak için Müslüman olmuşsa da Osmanlı Devleti hiçbir zaman dinlerini değiştirmeleri için Yunanlara bir baskı yapmamıştır [kaynak belirtilmeli] . Müslüman olanların bir kısmı ise Kripto-Hıristiyanlık denen yolu seçmiş, yüksek vergi ve ayrımcı muameleden kaçmak için Müslüman gibi davranmış fakat Hıristiyan Ortodoks inancını korumuştur. Fakat bu tip kişiler için Osmanlı yasalarına göre ölüm ile cezalandırılırdı. Yunanlar kendi aralarında Müslüman olan ya da Kripto-Hıristiyan olmayan kişileri de Türk olarak adlandırıyordu.
Kültürel etkileşim
Türkler ve Yunanlar yüzyıllar boyunca bir arada yaşamışlar gerek günlük hayatta, gerek ise dil konusunda birbirlerinden oldukça etkilenmişerdir. Osmanlı Devleti içinde Anadolu'da en çok Rum -Yunanistan dışında yaşayan Yunan kökenli kişiler Rum diye adlandırılır- İzmir, İstanbul ve Trabzon'da yaşamakta idi. Bunun dışında Lübnan'da ve Suriye'de de önemli oranda Rum olduğu bilinmektedir. Türkler ile Yunanlar'ın münasebetleri Osmanlı Devleti'nden çok daha öncelere uzanmakta olsa da en çok etkileşim şüphesiz bu dönemde gerçekleşmiştir.
Bugün Türkçe'de ki şehir isimlerin pek çoğu, denizcilik terimleri, meyve-sebze adları ve bazı hayvan isimleri doğrudan ya da dolaylı olarak Yunanca'dan Türkçe'ye geçmiştir. Yunanca'da 5,000 dolayında Türkçe sözcük olduğu sanılmaktadır.
Türkler ile Yunanlar arasındaki dil haricinde daha pek çok etkileşim vardır. Türk ve Yunan müziği birbirine oldukça yakın olup her iki dilde de söylenen birçok şarkı ve türkü bulunmaktadır. Şarkılarda kullanılan müzik enstrümanları oldukça yakındır. Bunun yanında Yunan mutfak kültürü ile Türk mutfak kültürü, özellikle de Ege, Akdeniz ve Trakya mutfakları Yunan mutfağına oldukça yakındır. Pekçok yemek ismi ortaktır.
Yunan isyanları
Osmanlı Devleti'nde, Fransız İhtilâli ile ateşlenen milliyetçilik akımı Avrupa'da birçok kavmi ayaklandırdığı gibi, Osmanlılarda da azınlıkların bir kısmını cezbetmişti. Osmanlı Devleti'nde ilk ayaklanan millet Sırplar olmasına rağmen en sistemli şekilde örgütlenmeyi ve eylem yapmayı Yunanlar gerçekleştirmiştir. Sırplar'ın ayaklanmasını sadece Ruslar desteklerken Yunanlar'ın bağımsızlık hareketini tüm Avrupa desteklemiştir. Osmanlı yöneticilerine göre o dönemde İstanbul'da bulunan Fener Rum Patrik'i Grigoryos da isyancıları desteklemiştir.
Patrik Grigoryos'u sorguladıktan sonra Yunan ayaklanması ile olan ilişkisine kanaat getiren sadrazam Benderli Ali Paşa 22 Nisan 1821'de idamına ferman buyurmuştur. Patrik'in asıldığı günden sonra, idama götürülürken dışarı çıkartıldığı odanın kapısı kilitlenmiştir. Bugün kilisenin inisiyatifine bağlı olarak kapı hâlâ kapalı tutulmaktadır. Bu kapı "Petro Kapısı" ya da "Orta kapı" olarak da bilinir.
İsyan tüm Yunanistan'da değil sadece Mora'da başlamıştır. Fakat Anadolu'da yaşayan Rumlar da Yunanlar'a bağımsızlıkları konusunda tam destek veriyordu. Rönesans ile Antik Yunanistan kültürünü tanımış olan Avrupa, Yunanlar'a bir hayranlık duymaktaydı. Bu nedenle Yunanistan'ın bağımsızlığı için tüm devletler Osmanlı'ya baskı uyguluyordu.
Avrupa'nın kendi çıkarları doğrultusunda kendilerine tam destek verdiğini gören Yunanlar isyan hazırlıklarına hız verdiler. 1814 yılında Etniki Eterya Derneği(orijinal okunuşu Filiki Eterya'dır, ancak hatalı bir biçimde Türkçe tarih literatütüne Etniki Eterya olarak geçmiştir)'ni kurdular ve amaçlarını Megali İdea olarak sloganlaştırdılar. Amaçları Bizans İmparatorluğu'nun zamanında sahip olduğu toprakları tekrar geri almak idi. Bu nedenle ilk isyanlarını Eflâk - Boğdan topraklarında başlattılar. Fakat bu isyan Osmanlı Devleti tarafından kısa sürede bastırılabildi.
Bağımsızlığın alınması
İsyanlar gerek Osmanlı Devleti gerek ise eyâlet valilerinden yardım alınarak bastırılıyordu fakat Osmanlı'nın her müdahalesi Avrupa devletlerinin tepkisini çekiyordu. 1827'ye gelindiğinde Rusya, İngiltere ve Fransa bir araya gelerek Osmanlı Devleti'nin Balkan topraklarının parçalamak amacı ile -olaya bir de din boyutunu katarak- Yunanistan'ın otonom bir prenslik olmasını ve Yunan topraklarında yaşayan tüm Türkler'in sürülmesini kararlaştırdılar. Bu karar Osmanlı Devleti'ne iletildiğinde sultan reddetti ve bu ülkeler filolarını Osmanlı'nın üzerine göndererek Osmanlı Filosunu yaktılar. Osmanlı zararın tazmini için bu devletlere çağrı göndermiştir fakat Rusya bu çağrıya savaş açarak yanıt vermiştir.
1828 yılında Ruslar ile yapılan savaşta Osmanlı Devleti yenildi. Birçok tarihçi bu mağlûbiyetin sebebini Yeniçeri Ocağı'nın henüz kaldırılmış olmasına ve yeni ordunun savaşa hazırlıklı ve alışkın olmamasına bağlar. Rusya, Osmanlı'nın bu boş ânından yararlanarak Erzurum ve Kars'ı işgâl edip Trabzon'a doğru ilerlemeye başlayınca Osmanlı Devleti eline kalan toprağını kaçırmamak için Prusya aracılığı ile Rusya'dan barış istedi. Rusya'nın kabul etmesi ile beraber Edirne Antlaşması imzalandı. Anlaşmanın hükümleri gereğince Yunanistan'a bağımsızlık verildi ve Yunan Krallığı'nın kurulması yolunda ilk adım atılmış oldu.
