İnternet andıcı davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, sanık savunmalarında ve belgelerde adı geçen İlker Başbuğ hakkında suç duyurusunda bulunarak gereğinin yapılması için İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na yazı yazılmasını kararlaştırmıştı. Mahkemenin, aldığı karar doğrultusunda İstanbul Cumhuriyet Savcılığı tarafından internet andıcı kapsamında Başbuğ hakkında soruşturma başlatmıştı.
Ergenekon soruşturmasını yürüten Savcı Cihan Kansız tarafından başlatılan soruşturma kapsamında Başbuğ, şüpheli sıfatıyla ifadeye çağrıldı. Fenerbahçe Orduevi'nden çıkan Başbuğ, ifade için Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'ne geldi. Başbuğ, yoğun güvenlik önlemleri altında adliye binasına hakim ve savcıların kullandığı kapıdan girdi.
İnternet andıcı davasında sanıklar, davaya konu olan sitelerin emir komuta zinciri içerisinde kurulduğunu belirterek Başbuğ'u işaret etmişti.