Ergenekon soruşturmasını yürüten Savcı Cihan Kansız tarafından başlatılan soruşturma kapsamında Başbuğ, şüpheli sıfatıyla ifadeye çağrıldı. Fenerbahçe Orduevi'nden çıkan Başbuğ, ifade için Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'ne geldi. Başbuğ, yoğun güvenlik önlemleri altında adliye binasına hakim ve savcıların kullandığı kapıdan girdi.
İnternet andıcı davasında sanıklar, davaya konu olan sitelerin emir komuta zinciri içerisinde kurulduğunu belirterek Başbuğ'u işaret etmişti.
