Referandumla bağımsızlıktan yana karar veren Güney Sudan, Ömer El Beşir liderliğindeki Kuzey Sudan'la ayrılık görüşmelerini dondurdu. Temmuz ayında resmen ayrılması beklenen Güney Sudan'ın üst düzey isimlerinden Pagan Anum, Beşir'i güney Sudan devletini devirmeye çalışmakla suçladı.
Pagan Anum, Beşir'in partisi Ulusal Kongre Partisi ile Güney'in ayrılmasına yönelik görüşmelerin durdurulacağını açıkladı. Anum, Güney'de çıkan petrolün dışarıya satılması için Kuzey Sudan dışındaki alternatiflerin değerlendirileceğini kaydetti.
Ocak ayında gerçekleştirilen referandumda Güney Sudan halkının büyük kısmı, bağımsızlıktan yana oy kulanmıştı.