Parti Merkez Yönetim Kurulu'nun milletvekili adayı olacak örgüt yöneticilerinden 10 Ocak'a kadar istifa etmelerini istemesinin ardından istifalar başladı. Milletvekili adayı olmak için görevinden ayrılan Gencan, istifasını düzenlediği basın toplantısıyla kamuoyuna duyurdu. 2007 yılından beri iki dönemdir il başkanlığı yaptığını belirten Nejat Gencan, "2011 genel seçimlerinde aday olmak için istifa edeceğimi herkes biliyordu. 2007 yılından beri örgütte var olan kargaşa ve kaos ortamını bitirmek amacıyla bu göreve talip oldum. Ben bugüne kadar tartışan ve kavga eden olmadım. Fikir ayrılıkları olabilir ama seçilen kişilere de saygı gösterilmesi gerektiğine inanıyorum." dedi.
Türkiye çapında bir 'Edirne-CHP' markası oluşturduklarını belirten Nejat Gencan, "Edirne oy oranını en fazla artıran iller arasında üst sıralardadır. Ben hiçbir zaman kendi kişisel menfaatlerimin peşinden koşmadım. Hiçbir zaman da belediye ve il genel meclisi üyesi arkadaşlarımla kavga içinde olmadım. Benim arkadaşlarla konuşmam Edirne için neler yapabiliriz konuşmasından öte geçmemiştir." diye konuştu.