Davanın 156 sayfalık iddianamesinde, Ergenekon davası sanıklarından İbrahim Şahin'in adamı olduğu iddia edilen Kayserili işadamı A.M. ile K.Y. ve G.A. hakkında, 35 suçtan toplam 320'şer yıla kadar hapis cezası isteniyor. Tutuklanarak cezaevine gönderilen Ege Üniversitesi (EÜ) Tıp Fakültesi Hastanesi'nin eski müdürü N.K. ile Alsancak Ağız ve Diş Sağlığı Merkezi Müdürü C.Ü. hakkında ise silahlı suç örgütü kurmak, rüşvet, ihaleye fesat karıştırmak ve görevi kötüye kullanmak suçlarından 45'er yıl hapis cezası talep ediliyor. Diğer sanıklar hakkında da değişik suçlardan 6 ile 21 yıl arasında değişen hapis cezaları isteniyor.
İddianamede, savcılık makamına gönderilen ihbar mektubunda, Ergenekon terör örgütünün İzmir ilinde bağlantıları olduğu, örgütün başında özel harekatçı İbrahim Şahin'in bulunduğu ve kendisiyle birlikte hareket eden emniyet görevlileri ve özel harekatçı polisler olduğu, görevlilerden bir emniyet amirinin yanına gelen kişilerin yasadışı adam kaldırma ve yaralama türü işler yaptığı, görev verildiğinde yasadışı büyük işler yapabileceklerini söylediklerinin belirtildiğine yer veriliyor. Ayrıca şüphelilerin, bazı azınlıklara yönelik araştırma yaparak bilgi topladığı da ileri sürülüyor. Başhekim, hastane müdürleri, emniyet müdür yardımcısı, emekli askerler ve işadamlarının sanık olarak bulunduğu iddianamede, A.M.'nin sanıklarla yaptığı telefon görüşmelerine de yer veriliyor. Bir siyasetçinin eşine BMW marka otomobil hediye ettiği, fotoğraflarını çektiği ve Ergenekon dolayısıyla Organize Suçlarla Mücadele Müdürlüğü kendisini gözaltına alırsa her şeyin ortaya çıkacağını söylediği iddia ediliyor.
İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı'nın talimatıyla harekete geçen İzmir İl Emniyet Müdürlüğü Kaçıkçılık ve Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü ekipleri, 10 ildeki 40 adrese eşzamanlı oprasyon düzenlemişti. Aralarında işadamı A.M. ile birlikte Alsancak Diş Hastanesi Başhekimi A.Ş., Alsancak Diş Hastanesi Müdürü C.Ü., EÜ Hastanesi Müdürü N.K., Ergenekon davası sanıklarından emekli albay Levent Göktaş'ın sahibi olduğu güvenlik firmasının ortaklarından emekli astsubay İ.G. ve Genel Müdürü U.S.'nin de bulunduğu kişiler gözaltına alınmıştı. Zanlıların ev ve işyerlerinde yapılan aramalarda 2 adet el bombası, 3 adet tabanca, Kalaşnikof marka bir tüfeğe ait parçalar, çok sayıda fişek, üzerinde kamera bulunan saat ve anahtarlık, yedisi dizüstü 13 bilgisayar, hançer, tüfek dürbünü ve telsiz ele geçirilmişti.
