İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen Balyoz davasının ikinci duruşması, reddi hakim talepleri nedeniyle verilen 12 gün aradan sonra saat 09.35'te başladı. 196 sanıktan 11'inin katılmadığı duruşmada önce sanık yoklaması yapıldı. Eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan, eski Deniz Kuvvetleri Komutanı emekli Oramiral Özden Örnek ve eski Hava Kuvvetleri Komutanı emekli Orgeneral İbrahim Fırtına'nın yan yana oturduğu gözlendi. Başka suçtan tutuklu sanıklar Albay Dursun Çiçek, Albay Cengiz Köylü ve emekli Albay Mehmet Fikri Karadağ ile görevden alınan Tümgeneral Gürbüz Kaya, Tuğamiral Abdullah Gavremoğlu ve Tümgeneral Halil Helvacıoğlu'nun aralarında bulunduğu toplam 185 sanık, duruşmada hazır bulundu. Duruşmaya izleyici olarak katılanlar arasında sanık Çetin Doğan'ın kızı Pınar Doğan ile Dani Rodrik'in de bulunduğu gözlendi.
Sanıkların isim yoklamasının ardından Mahkeme Başkanı Ömer Diken'in sorusu üzerine ilk duruşmada kimlik tespiti yapılmayan 5 sanık, bu duruşmada hazır bulunduklarını söyledi. Sanıkların kimlik tespitinin yapılmasının ardından Başkan Diken, davanın 16 Aralık 2010 tarihli ilk duruşmasında bazı sanıklar ile avukatları tarafından reddi hakim talebinde bulunulduğunu, talebin değerlendirilmesi için de dava dosyasının üst mahkeme olan İstanbul 11. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildiğini söyledi. Başkan Diken, reddi hakim talebini değerlendiren 11. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından red kararı verildiğini belirterek açık duruşmaya devam edileceğini açıkladı.
Kararda, 23 Temmuz 2010 tarihinde tensiple red talebinde bulunan sanık avukatlarının bir kısmında dahil olmak üzere toplam 102 sanık hakkında yakalama kararı çıkardığı hatırlatıldı.
Duruşmada sanık yoklaması ile kimlik tespitlerinin yapıldığını belirten Başkan Ömer Diken, iddianamenin okunması bölümüne geçileceğini söyledi. Bunun üzerine bazı avukatlar, talepte bulunacaklarını belirterek söz istedi. Avukatlar, hızlı ve sağlıklı bir yargılamanın yapılabilmesi için iddianamenin özetlenerek okunmasını talep etti. Sanık Çetin Doğan'ın avukatı Celal Ülgen, iddianamenin belkemiği olduğunu belirttiği 11 nolu CD içeriği hakkında klasörlere dağınık şekilde serpiştirme yapıldığını savunarak, eğer savcının elinde farklı bir indeks ya da yol göstericisinin varsa bunu da belirterek okumasını istedi.
Sanıklar arasında yer alan dönemin üç kuvvet komutanının avukatları, mahkemenin görevsizlik kararı vererek müvekkillerinin Anayasa'da yapılan son değişiklik nedeni ile Anayasa Mahkemesi'nde yargılanmalarını talep ett.