Protestocu gençlerin amaçlarının eğitim olmadığına dikkat çeken Pakdemirli, "Bu çocukların başlarındaki kişi hemen hemen bütün derslerden kalıyor. İzmir'de şiddet eyleminden dolayı gözaltına alınmış. Daha önce de eğitim aldığı Selçuk Üniversitesi'nde aynı eylemlerle ömrünü geçirmiş." diye konuştu. Bundan sonra üniversitede siyasi faaliyette bulunanlara disiplin cezası uygulayacaklarını bildiren Pakdemirli, "Kanunları uygulamakla yükümlüyüz. Türkiye, hukuk devletidir. Hukuk normları çerçevesinde hareket etmek zorundayız." ifadelerini kullandı.
Medyanın olayı farklı şekilde yansıtarak öğrencilerle yaptığı görüşmeyi görmezden geldiğini kaydeden Pakdemirli, gençlerin kendi kendilerine görev icat ettiğini söyleyerek tepkisini dile getirdi: "Ülkedeki bütün kanun ve nizamı rafa kaldırmışlar. Cumhuriyet düşmanlarını üniversiteye sokmayacaklarmış. Beni binlerce kişi ziyarete geldi. Problem Türkiye Cumhuriyeti'nin başbakan yardımcısında mı çıkıyor? Öğrenciler de üniversiteyi yönetemez. Rektör benim. Üniversitede bir sorun olduğunda hesabını ben veririm."
Son olarak Manisa'da ortaya çıkan TGB'li öğrenciler, İzmir'de 30 Eylül 2009 tarihinde Dokuz Eylül Üniversitesi'nde konuşma yapmak için kürsüye çıkan Başbakan Erdoğan'a, "Cumhuriyet yıkıcıları kürsülere çıkıyor." diye bağırarak hakaret etmişti.