HSYK Kanunu'nun 77. maddesine göre Başkurt ve Canak hakkında görevden uzaklaştırma kararı alındı. Her iki hâkim hakkında Adalet Bakanlığı müfettişleri tarafından bazı olaylara istinaden 25 Ağustos 2009 tarihinde başlatılan soruşturmada da 'aynı yerde görev yapmaları uygun değil, baktıkları davalara başkanlık etmeleri sakıncalı' şeklinde görüş blidirdikleri kaydedildi.
HSYK kararı doğrultusunda özel yetkili hâkimlerden Gebze'ye atanan Başkurt, 16 Aralık'ta ilk duruşması yapılacak emekli orgeneraller Çetin Doğan, Özden Örnek ve Orgeneral İbrahim Fırtına'nın da yer aldığı 196 askerin yargılanacağı davaya başkanlık yapacaktı. Davaya Başkurt'un yerine 10. Ağır Ceza Mahkemesi Üyesi Hâkim Ömer Diken'in başkanlık edeceği öğrenildi. Sakarya'ya atanan Canak'ın yerine ise 14. Ağır Ceza Mahkemesi Üyesi Hâkim Rüstem Eryılmaz getirildi.
