ÇYDD iddianamesinde, Eruygur'dan ele geçirilen bir belgelerde jandarmanın ÇEV ile ilgili raporlarının bulunduğu anlatıldı. Söz konusu raporlarda jandarma istihbarat birimlerinin "2003 yılında Gülseven Yaşer ve başkanı olduğu ÇEV'in PKK-KADEK'li kişilere burs verdiği, vakıfta yapılan aramada PKK ile ilgili örgüt dokümanları, terör örgütü elebaşı Abdullah Öcalan'ın kitaplarının bulunduğu" şeklinde tespitlerin yer aldığı belirtildi. Buna rağmen Cumhuriyet Çalışma Grubu Devre Raporları'nda da belirtildiği gibi Gülseven Yaşer ve ÇEV'in, Eruygur ve diğer Ergenekon terör örgütü yöneticileriyle ilişkilerinin devam ettiğinin anlaşıldığı kaydedildi.
İddianamede, İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü görevlilerince 3 Haziran 2002 tarihinde ÇEV binasında yapılan aramada PKK terör örgütü ile ilgili birçok örgütsel doküman ele geçirildiği ifade edildi. O dönemde vakıf binasından ele geçirilen burs başvuru formlarındaki öğrenci isimleri incelendiğinde çok sayıda öğrencinin başta PKK ve DHKP/C olmak üzere değişik terör örgütlerinden yakalanıp haklarında işlem yapıldığının anlaşıldığı belirtildi.
