Anadolu'nun ilk camisi olmasının yanında, Hz. İsa'nın havarilerinden Pavlus ve Yuhanna'nın mezarlarını içinde barındıran Habib-i Neccar Camii, bu özelliğiyle hem Müslümanların hem Hıristiyanların kutsal olarak gördüğü tek ibadet yeri olmasıyla dikkat çekiyor.
Müslüman ve Hıristiyanların ziyaretçi akınına uğrayan Habib-i Neccar Camii, bu özelliğiyle dünyada örneğinin olmamasının yanında, dinlerarası hoşgörünün doruk noktası da oldu. Hatay'a gelen çok sayıda yerli-yabancı turistin ilk uğrak yerlerinden biri olan Habib-i Neccar Camii'nin bu özellikleri Antakya'nın dinler arası birlik, beraberlik ve hoşgörü ortamını iyice pekiştiriyor. Cami, Hz. İsa'nın havarilerine ilk inanan ve bu uğurda canını veren bir Antakyalı olan Habib-i Neccar'ın adını taşıyor.
Camiye ve Antakya'nın sırtını verdiği dağa adını veren Habib-i Neccar, M.S. 40'lı yıllarda Antakya'da yaşadı. Yapı, Anadolu'da yapılan ilk cami olarak biliniyor. Bir Roma tapınağının yıkıntıları üzerine inşa edilmiş kiliseden camiye dönüştürülmüş olan bu kutsal yapı, ortaçağ mimari özelliklerini taşıyor. Günümüzdeki cami Osmanlı dönemi eseri olup etrafı geleneksel yapım tarzıyla yapılmış, avlunun bir kısmı medrese odaları ile çevrili. Minaresi 17. yüzyılda yapılmış olan caminin avlusunda 19. yüzyıl eseri bir şadırvan bulunuyor. Caminin kuzeydoğu köşesinde Hz. İsa'nın havarilerinden Yunus (Pavlus) ve Yahya (Yuhanna) ile onlara ilk inanan Habib-i Neccar'ın türbesi (4 metre derinde) yer alıyor.
Türkiye Diyanet Vakfı tarafından hazırlanan İslam Ansiklopedisi'nin 14. cildinde, Habib-i Neccar, İslami kaynaklara göre Kur'an-ı Kerim'de Yasin suresi'nin 13-27 ayetlerinde kıssası anlatılan kişi deniliyor. Müslümanlarca da bir evliya olarak kabul gören Habib-i Neccar'ın öldüğü yere yaptırılan bu cami, Antakya'nın el değiştirmesine bağlı olarak defalarca yıkılmış ve sonradan tekrar yapılmış.