Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın 2003 yılında BM Genel Sekreteri Kofi Annan'a "Kusura bakma 3 kez denedim fakat Kıbrıs Rum Kesimi, Kıbrıs Türklerine kapıları açmayacak gibi gözüküyor. 4. kez denemeyeceğim." dediğini ifade eden Egemen Bağış, "Şu ana kadar Türklerden 20 farklı teklif geldi ama Rum Kesimi her defasında reddetti. Annan planı bugün kabul edilmiş olsaydı, Kıbrıs adasında bugün bir tek asker olmazdı." diye konuştu.
Bağış, Atina'da cami olmamasına ise "Almanya'da 5 bine yakın cami ve mescit varken, demokrasi isminin ortaya çıktığı Yunanistan'da bir tane ibadethane yok." sözleriyle dikkat çekti.