Ağustos 2010 tarihinde restorasyon çalışması başlatılan caminin giriş cephesinde bulunan ağacın, yapılan drenaj kazıları sırasında köklerinin caminin temellerine zarar verdiği ve statik bozulmalara neden olduğu tespit edildi.
Bunun üzerine Edirne Orman İşletme Şefliği'nden alınan raporda ağacın köklerinin cami için tehlike arz ettiği belirtildi. Ağacın sebep olduğu hasarlardan dolayı Ayşe Kadın Cami'nin restorasyonu ve güçlendirilmesi için 611 bin 240 TL harcanacağı belirtildi.
Yetkililer, camiye gelecekte verebileceği zararların önlenmesi ve yapılan restorasyon çalışmalarının kalıcı olması amacıyla Edirne Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu'nun kararı ile ağacın kesilmesi yönünde karar verildi.
