Manisaspor'un ligde ilk kez yer aldığı 2005-2006 sezonundan bu yana yapılan 6 maçtan 3'ünü Fenerbahçe, 1'ini Manisaspor kazanırken, 2 maç ise berabere sonuçlandı.
Fenerbahçe'nin 13 golüne, Manisaspor 10 golle yanıt verdi.
Ligde 2005-2006 sezonunda yapılan maçlarda Fenerbahçe, İstanbul'da 2-1, Manisaspor da Manisa'da 5-3'lük skorlarla galip geldi.
2006-2007 sezonunun ilk yarısında Manisa'da yapılan maçı Fenerbahçe 3-2 kazanırken, İstanbul'daki karşılaşma ise 0-0 bitti.
2007-2008 sezonunda ise ilk yarıda Manisa'da yapılan maç 1-1 tamamlandı, İstanbul'daki karşılaşmayı ise Fenerbahçe 4-1 kazandı.