Terör örgütü PKK'dan ayrıldıktan sonra itirafçı olup JİTEM adına çalışan Abdülkadir Aygan, Güneydoğu'da faili meçhul cinayetlerin işlendiği 1990-2000 yılları arasında bu birimde görev yapan personeli internet sitesinde deşifre etti. İsveç'te yaşayan Aygan, 'nasname.com' isimli sitede yaptığı açıklamada, Ergenekon soruşturmasını sürdüren savcı ve hakimlere yönelik baskıları JİTEM'le ilişkilendirdi. Aygan, 'Hükümete ve savcılara son çağrımdır' diye başlayan yazısında, Ergenekon soruşturması kapsamında her türlü bilgi ve belgeyle birlikte yardıma hazır olduğunu dile getirdi. Aygan, yazıda, "İş işten geçmeden bu şer odaklarının yakasına yapışınız. Mazlum ve çilekeş halk sizi destekleyecektir." ifadesini kullandı.
Abdülkadir Aygan, Güneydoğu'daki eylemlerin emir komuta zinciriyle gerçekleştiğini dile getirdi. Aygan şu bilgileri verdi: "Normal insanların özel hayatı bile JİTEM şefleri tarafından kontrol altındayken, sivil memur çalışanlar emirsiz hareket edebilir mi? JİTEM'de personel adımını dışarı atmadan önce görev formu doldurulur. Göreve çıkan personelin kimliği, görevin niteliği, görev yeri, görev başlangıç ve bitiş tarih ve zamanı, hepsi resmî görev defterine işlenir. Göreve gönderen kimdir? Teşkilatın amiri. Demek ki yapılan her şey emir-komuta zinciri içerisinde ve amirin talimatıyla yapılmıştır."
Abdülkadir Aygan'ın iddialarına göre JİTEM'in yapılanması şöyle:
İSTİHBARAT BAŞKANI: General, Jandarma Genel Komutanlığı karargahında.
JANDARMA GRUP KOMUTANLIĞI (JİTEM): Ankara'da, albay, yarbay, binbaşı.
GRUPLAR KOMUTANLIĞI: Ankara-İstanbul-Adana-Mersin-Samsun ve Antalya JİTEM Tim komutanlıkları. (Tim komutanlığı görevinde yüzbaşı, üsteğmen veya teğmenler görevlendirilmişti.) Diyarbakır JİTEM Grup Komutanlığı'na bağlı: Batman-Elazığ-Mardin-Silopi-Van-Hakkari ve Erzurum JİTEM Tim komutanlıkları vardı. Aygan'ın verdiği bilgiye göre 1990 yılından 2000 yılına kadar JİTEM'de görev yapan bazı isimler:
SUBAYLAR: Ali Akgöz, Veli Küçük, Arif Doğan, A. Cem Ersever, Aytekin Özen, Nurettin Ata, Hüseyin Kara, Ali Yıldız, Abdulkerim Kırcı, Cahit Aydın, Cemal Temizöz, Kadir Tahir, Zahit Engin, Savaş Gevrekçi, Tunay Yanardağ, Mustafa Karaduman, Musa Sümbül, Osman Aksu, Fatih Aslan.
ASTSUBAYLAR: Osman Altıntaş, Mehmet ..., Adnan Erdeve, İbrahim Gökçeyrek, Necmettin Çekiç, Ali Tellioğlu, Seyfullah Cural, Ali Savar, Ergün Çetin, Üzeyir Demirhan, Yusuf Aslan, Ufuk Kırılmaz, Şaban Bayram.
UZMAN ÇAVUŞLAR: Mustafa Uzel, Yakup Toprak, Cemal Yaşar, Recep Kara, Yüksel Uğur, Abdulkadir Öztürk, Şerif Yıldız, Murat Kaya, Mustafa Genç, Tuncay Şahiner, Mürsel Gözütok, Yavuz Gündoğdu, Oktay Yazıcı, Ahmet Karaçar ve Fevzi Yılmaz.
SİVİL MEMURLAR: Kemal Emluk, Saniye Emluk, Hatice Elmas, Serpil Toprak, Abdülkadir Aygan, Abdulkadir Karataş, Hasan Adak, Abdullah ve Hoca.