İstanbul Üniversitesi Kardiyoloji Enstitüsü'nde anjiyosu temiz çıkan Haberal için 15 Mayıs'ta verilen 8 haftalık sağlık kurulu raporunun süresi de sona erdi. Buna rağmen Haberal'ın taburcu olup olmayacağı belirsizliğini koruyor. Enstitü Müdürü Prof. Dr. Erhan Kansız, izinde olduğu için Haberal'ın sağlık durumu konusunda bilgisinin bulunmadığını söylerken, diğer yetkililer de rektörle ilgili soruları cevapsız bırakıyor. Haberal'a 21 Nisan 2009'da anjiyo yapılmış, damarlarındaki darlığın cerrahî müdahale gerektirmeyecek seviyede olduğu tespit edilmişti.
Bundan sonraki tedavilerine kalp ritim bozukluğunu düzenleyecek ilaçlarla devam edilmesi uygun görülmüştü. Uzmanlar Haberal'ın yaşadığı rahatsızlığı herhangi birinin yaşaması halinde bir haftada taburcu olacağını ve ilaçla tedavisine dışarıda devam edebileceğini dile getiriyor. Haberal'ın hastaneye yatmasından sonra anjiyo olan Ergenekon davası hakimi Köksal Şengün'ün 10 gün içinde görevine dönmesi de dikkat çekmişti.
Ayrıca Mehmet Haberal, Kardiyoloji Enstitüsü'nde normal odada kalırken, hastanenin aciline gelen bazı hastalar yer yokluğundan geri gönderildi. 19 Mayıs 2000'de kalp krizi geçiren 63 yaşındaki İhsan Alper, enstitünün acil servisinde belli bir süre ilaç, iğne ve oksijenle tedavi edildi. Ağrıları azalınca da 'yoğun bakımımızda yerimiz yok' denilerek, hastaneye kabul edilmedi. Daha sonra gittiği hastanede üç damarının yüzde 98'e varan oranlarda tıkalı olduğunu öğrendi. Yapılan operasyonda İhsan Alper'in iki damarına stent takıldı, bir damarına balon anjiyo yapıldı. İki önemli operasyon geçirmesine rağmen İhsan Alper, bir gün sonra taburcu oldu.