Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan emekli Üsteğmen Serdar Öztürk'ten ele geçirilen 'kaos planı'yla ilgili soruşturma, Genelkurmay Başkanlığı Askerî Savcılığı tarafından yürütülüyor. Ancak süreçte bugüne kadar yaşanan gelişmeler, 'kirli tezgâh'ın sümen altı edileceği yönündeki görüşleri de artırıyor.
Endişelerin altında ise Genelkurmay'ın geçmişte görülen önemli davalarda izlediği tavır yatıyor. JİTEM davası, örneklerden sadece biri. Genelkurmay Adli Müşavirliği'nin engellemeleri yüzünden JİTEM davası 10 yıl boyunca açılamadı. Soruşturmayı yürüten sivil savcılık, Genelkurmay'dan, sanıklarla ilgili bilgileri istemişti. Ancak Genelkurmay adli müşaviri, tehdit ve imalı cevaplar vermişti. Söz konusu dönemde Genelkurmay adlî müşaviri bugünün Ergenekon sanığı Erdal Şenel'di.
Dava konusu Şırnak'ın İdil ilçesinde 1989 yılında üç köylünün kurşuna dizilmesi olayı ile ilgili açılmıştı. Dosyada ismi geçen askerî yetkililerle ilgili Diyarbakır DGM savcısı iki kez Genelkurmay'dan bilgi istedi. 13 Nisan 1998 ve 29 Nisan 1998 tarihli her iki yazıyı da dönemin Genelkurmay Adli Müşaviri Erdal Şenel cevapladı. Savcı, dava dosyasında adı geçen komutanların 1984 yılından itibaren hangi tarihlerde, nerede görev yaptıklarını soruyordu. Dönemin asayiş kolordu komutanı Hulusi Sayın, Korgeneral İsmail Selen, Orgeneral Hikmet Köksal, Veli Küçük, Arif Doğan, Ahmet Cem Ersever, Yüzbaşı İsmail Öztoprak, Sinan Yaşar, Şaban Bayram, Abdülkerim Kırca, İsmet Köksal, Aytekin Özen, Albay İsmet Yediyıldız, Binbaşı Nurettin Ata, Ahmet Yarbay, İsa Binbaşı ve Er Erol hakkında bilgi istiyordu. Mahkemenin mercek altına almak istediği Veli Küçük ve Arif Doğan, bugün Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklu.
Erdal Şenel, savcının ilk talebine 30 Mayıs 1998 tarihinde cevap verdi. 'Gerekli incelemenin başlatıldığını ve gereğinin buna göre ifasının uygun olacağını' söylüyordu. Bu muğlak cevap üzerine Diyarbakır'daki savcının talebi ile Ankara DGM Savcılığı tarafından 23 Haziran 1998 tarihinde yeni bir yazı daha gönderilerek bilgi istendi. Cevap gelmeyince 14 Eylül 1998 tarihinde bir yazı daha gönderildi. Üçüncü girişime oldukça sert bir cevap geldi. 13 Ekim 1998 tarihinde Genelkurmay Adli Müşavir Hâkim Tümgeneral Erdal Şenel imzasıyla mahkemeye gönderilen yazıda, 'Genelkurmay Başkanlığı'nca gerekli inceleme ve soruşturma tarafımızdan yürütülmüştür. Bu nedenle aynı konuda tekrar talepte bulunulmasının sebebi anlaşılmamıştır. Konunun bu hali ile merciine bildirilmesi uygun olacaktır.' ifadeleri yer aldı.
Genelkurmay'ın sanıklarla ilgili bilgi vermemesi üzerine JİTEM soruşturması yıllarca ya rgı önüne taşınamadı. Örgüt, yıllar sonra sivil mahkeme tarafından yargılama konusu oldu. Ancak askerî yetkililer bu dava kapsamının dışında tutuldu. Diyarbakır'da görülen mevcut JİTEM davasında sadece itirafçılar ve korucular yargılanıyor.
Zaman