'Ergenekon' soruşturmasının ikinci iddianamesinde, emekli Orgeneral Hurşit Tolon'un askerlik görevi döneminde, sonra da emekliliğinde 'Ergenekon silahlı terör örgütü'nün faaliyetlerine aktif olarak katıldığı öne sürüldü.
İddianamenin 'Siyasi Partilerin Yönlendirilmesi' bölümünde, Hurşit Tolon'un emekli kuvvet komutanı olduğu, kendi beyanıyla hiçbir siyasi oluşum ve parti içinde olmadığı, olamayacağı, ancak hem sivil toplum kuruluşlarını yönettiği hem de birçok siyasi parti liderini bir araya getirerek ortak hareket etmelerini ve aralarındaki eş güdümü sağladığı ifadelerine yer verildi.
Tolon'un 'Ergenekon silahlı terör örgütü'nün siyasi partileri ve siyasi kişilikleri kontrol altına almak hedefi doğrultusunda siyasi kişilikleri 'Ergenekon'un yapısına uygun olarak önceden belirleyip yönlendirmek istikametinde hareket ettiğinin anlaşıldığı ifade edilen iddianamede, Tolon'un Ankara'daki evinde yapılan aramalarda elde edilen dokümanlarda emniyet mensuplarıyla ilgili fişleme, evrak ve dokümana el konulduğu hatırlatıldı.
'Hurşit Tolon'un emekli ordu komutanı olmasına rağmen, önceleri askerlik görevi döneminde, sonra da emekliliği döneminde temadi eder şekilde 'Ergenekon silahlı terör örgütü'nün faaliyetlerine aktif olarak katıldığı, görevi döneminde ve daha sonra emekliliğinde örgüt üyelerinden Kemal Yalçın Alemdaroğlu, Doğu Perinçek, İlhan Selçuk, Veli Küçük, Sevgi Erenerol, Habip Ümit Sayın, Sinan Aygün, Mustafa Ali Balbay, Mehmet Ufuk Büyükçelebi, Güler Kömürcü ile tanışıp yakın ilişki içinde olduğu, ayrıca Habip Ümit Sayın'ın tarafından kendisine gönderilen bazı yazıların da şüphelide elde edildiği, emekliliği döneminde de Habip Ümit Sayın'ın ile örgütsel anlamda görüşmelerine devam ettiğinin anlaşıldığı' ifade edilen iddianamede, 'Tolon'un görevi zamanın da yürütme organını devirmeye teşebbüs suçunun hazırlık eylemlerinde fiili olarak görev aldığı, Cumhuriyet Çalışma Grubu olarak kendisine verilen görevleri yerine getirdiği' kaydedildi.
İddianamede, şöyle denildi:
'Delil ve beyanlardan, şüphelinin Ergenekon silahlı terör örgütü adına eylem ve faaliyetlerde bulunduğu, bu eylem ve faaliyetleri sırasında birçok kişi, kurum ve sivil toplum kuruluşu yöneticileri ve siyasi parti yöneticileriyle örgütün amaçları doğrultusunda görüşmeler yaptığı, bu kişileri yönlendirici talimatlar verdiği, örgüt içinde ortaya çıkan anlaşmazlıklarda, örgüt üyelerine aynı amaç doğrultusunda birlikte hareket etmeleri yönünde telkin ve talimatlarda bulunarak örgütsel birlikteliğin bozulmasına engel olmaya çalıştığı, telefon görüşmelerinde, özellikle tarafımızca belirlenemeyen örgüt yöneticilerinin deşifre olmasını engellemek amacıyla telefonlarının dinleniyor olduğu ihtimalini dikkate aldığı halde 'Bir numara, baş adam, iki numara, sizin bir numaranız, ikinci adam, değerli büyüğümüz, yukarıdan onay alındı' şeklinde şifreli ifadeler kullandığı, yürütme organını devirmeye teşebbüs adına yapıldığı anlaşılan birçok toplantı ve mitingi tertip ettiği ve bu mitinglerde gizli koordinatör olarak kişileri ve kurumları gizlilik içerisinde organize ettiği anlaşıldığından şüpheli Ahmet Hurşit Tolon'un Ergenekon silahlı terör örgütünün üst yapılanması içinde bulunan yöneticisi konumunda olduğu sonucuna varılmıştır.
Tolon'un Ergenekon silahlı terör örgütünün yöneticisi olduğu, şüpheli Mehmet Şener Eruygur ile birlikte Türkiye'deki sivil toplum kuruluşlarını Ergenekon silahlı terör örgütünün amaçlarına uygun olarak gizlice örgütleyip toplumsal eylem ve olayların içinde yönlendirmeye çalıştığı, devlete ait gizli bilgi ve belgeleri örgütsel amaçlar doğrultusunda kullanmak üzere elinde bulundurduğu, halkı yürütme organına karşı isyana tahrik suçu ile 2003-2006 yılları ve sonrasında yürütme organını ortadan kaldırmaya teşebbüs eylemlerinin içinde fiilen, aktif olarak yer aldığı ve yönetici olması sebebiyle örgüt üyelerinin işlediği diğer suçlardan da sorumlu tutulmasının gerektiği, hem şahsi fiilleri, hem de örgüt adına işlenen tüm suçlardan ötürü cezalandırılmasının zorunlu olduğu sonucuna varılmaktadır.'