Sanık Osman Gürbüz'ün, 2002 yılında Necip Hablemitoğlu'nun öldürülmesi işini Veli Küçük'ün huzurunda gizli tanık 9'a teklif ettiği, tanığın kabul etmemesi üzerine Küçük'ün Osman Gürbüz'e hitaben 'Bu iş yine sana kaldı' dediği anlatılan iddianamede, Hablemitoğlu'nun bir seneye kalmadan öldürüleceğinin, tutuklu sanık Habip Ümit Sayın'ın bilgisayarlarında yapılan dijital incelemelerde bulunan e-mail yazışmalarından anlaşıldığı kaydedildi. İddianamede, söz konusu yazışmalarda 'Hablemitoğlu'nun örgüt üyelerince çok sevilmediği, tehlikeli kişilerle ilişkilerde bulunduğu, MİT Müsteşarlığına adının geçtiği ve sakıncalı hareketler yaptığı' yönünde ifadeler yer aldığı belirtildi.
İddianamede 'Hablemitoğlu'nun bir seneye kalmadan öldürüleceği belirtilmiş ve öldürmüştür. Ancak failleri bugüne kadar bulunamadığı gibi fail olarak adı geçen İbrahim Çiftçi'nin de bu hususta şüpheli olarak ifadesi alındıktan sonra herhangi bir dava açılmadan 2 Ekim 2006'da iki el bombasıyla öldürülmesi ve bu bombaların tutuklu sanık Oktay Yıldırım'dan elde edilen bombalarla benzerlik göstermesi de örgütsel ilişkilerin boyutlarını göstermektedir' denildi.
'Ergenekon' silahlı terör örgütü üyelerinin görevde iken Ergenekon'la bağlantıda oldukları, emekli olduklarında da örgütte ayrı görevlere getirildikleri öne sürülen iddianamede, örgütün ülkeyi istedikleri gibi yönetmek için ülkede kaos ortamı oluşturmaya çalıştığı, bu amaçla suikast dahil her türlü yasa dışı yola yöneldikleri, bu amaçla darbeye zemin hazırlamak ve yürütme organını ortadan kaldırmaya yönelik çalışmalar yaptıklarının anlaşıldığı bildirildi.
İddianamede, elde edilen resmi içerikli ve gizli belgelerde oluşuma 'Cumhuriyet Çalışma Grubu' adı verildiği, bu isimle oluşturulan grubun askeri müdahaleye zemin hazırlamak amacıyla yaptıkları planlara 'Sarı Kız', 'Ay Işığı', 'Yakamoz' ve 'Eldiven' gibi kod isimleri verdiklerinin belirlendiği ifade edildi.